Đến Habsburg
Bohemia được cai trị bởi các vị vua vắng mặt sau cái chết của George cho đến năm 1526 khi Habsburgs tuyên bố ngai vàng. Triều đại Công giáo kịch liệt này đã cai trị những tàn tích còn lại của Thánh chế Rome và tập trung nỗ lực bảo vệ biên giới của họ với châu Âu trước mối đe dọa đáng kể từ người Ottoman. Vào thời điểm này, tôn giáo Tin lành đã phát triển thành một ảnh hưởng mạnh mẽ, và các phe phái tôn giáo nghiêm trọng của Bohemia chỉ là một vấn đề khác mà họ phải đối mặt.
Hoàng đế Rudolph Đệ nhị lên ngôi năm 1576 và đổi thủ đô thành Praha (từ Vienna). Sự tài trợ của hoàng gia đã đưa khoa học và nghệ thuật lên một tầm cao lớn hơn, và các tòa nhà thời Phục hưng ấn tượng đã làm tăng thêm vẻ lộng lẫy của thành phố. Thành tựu chính của Rudolph là đạo luật cho phép tự do biểu đạt tôn giáo cho cả người theo đạo Tin lành và người Công giáo. Tuy nhiên, luật này đã không được Ferdinand Đệ Nhị, vị vua Công giáo lên ngôi vào năm 1611, tiếp tục, và những cuộc tranh cãi âm ỉ về tôn giáo sớm bùng phát.
Cuộc đào tẩu năm 1618 đã gây ra cuộc Chiến tranh 30 năm tồi tệ. Frederick của Palatinate, một vị vua mới, được bầu chọn. Tuy nhiên, trong năm 1620, lực lượng Tin lành của ông đã bị các lực lượng đế quốc lật đổ trên một ngọn đồi thấp bên ngoài Praha. Trận ‘Núi Trắng’ này được coi là một trong những ngày tồi tệ nhất trong lịch sử đất nước. Hậu quả bị tàn phá bởi các vụ hành quyết công khai những người theo đạo Tin lành nổi tiếng và trục xuất khỏi Praha đối với bất kỳ ai từ chối theo đạo Công giáo.
Chiến thắng quyết định của Ferdinand đã làm thay đổi đáng kể tình trạng vốn đang mệt mỏi của Praha. Các nhà sử học tiếp theo mô tả thời kỳ sau là “ Thời kỳ đen tối ”, thời kỳ mà người dân Séc chiếm đa số bị áp bức trong đất nước của họ: Những người cai trị của họ hoặc bị giết hoặc bị trục xuất, ngôn ngữ của họ bị cấm đoán và tôn giáo mà họ lựa chọn bị cấm. Điều này phần lớn đúng. Các bất động sản theo đạo Tin lành bị tịch thu được bán với giá giảm cho những người ủng hộ Habsburgs, những người chủ yếu là người nước ngoài (đặc biệt là người Đức). Tiếng Đức được coi là ngôn ngữ lịch sự của xã hội, và cuối cùng, tiếng Séc chỉ được nói bởi những người nghèo thành thị và nông dân. Các nhóm tôn giáo khác, như Dòng Tên, cố gắng xóa bỏ những tàn tích cuối cùng của đạo Tin lành. Nhưng, tất cả không phải là sự diệt vong và u ám. Sau khi đất nước nổi lên sau nhiều năm xung đột, một cuộc bùng nổ xây dựng đã biến vùng nông thôn và thành phố với những kỳ quan của kiến trúc và nghệ thuật Baroque. Tuy nhiên, căng thẳng giữa những người nói tiếng Séc và công dân nói tiếng Đức của Praha sẽ vẫn còn kéo dài đến thế kỷ XX và gây ra những hậu quả sâu rộng.
Phòng thủ số 2 của Praha
Bị mắc kẹt bên trong Lâu đài Praha với những kẻ thù Tin lành đầy thù hận của họ vào ngày 23 tháng 5 năm 1618 , 2 quan chức hoàng gia bị hóa đá đã khóc vì lòng thương xót, nhưng tiếng kêu của họ rơi vào tai người điếc. Bị ép lên cửa sổ với cô thư ký xui xẻo, họ bị đẩy ra ngoài, mặc dù 1 người trong số họ cố gắng bám vào bệ cửa cho đến khi anh ta bị bó ra ngoài bởi một cú đánh nhanh chóng từ một con dao. Việc họ rơi xuống hào ở phía dưới đáng lẽ đủ để giết họ; tuy nhiên, họ vẫn sống sót và trốn thoát được trong sự kinh ngạc của mọi người. Lời tường thuật của người Công giáo về vụ việc nói rằng cú ngã của họ đã bị phá vỡ một cách kỳ diệu bởi Đức Trinh nữ Maria. Người theo đạo Tin lành, và có thể đáng tin hơn, nói rằng lượng rác khổng lồ tích tụ trong hào đã khiến chúng đổ bể.
Đất nước thức tỉnh trong thế kỷ 20
Trong thế kỷ thứ mười tám, sự cai trị của nhà Habsburgs bắt đầu trở nên tự do hơn, đặc biệt là dưới triều đại của Hoàng đế Joseph Đệ nhị (1780-90). Những cải cách trong hệ thống giáo dục của ông đã tạo ra một thế hệ người Séc biết chữ và hiểu rõ hơn về lịch sử trước đây và sự áp bức hiện tại của họ. Trong suốt đầu thế kỷ XIX, một tầng lớp trí thức đã xuất hiện, đưa tiếng Séc trở lại nổi bật, quảng bá ‘văn học và vận động hành lang cho quyền của người Séc trong Đế quốc. Vào cuối thế kỷ này, Praha, mà Hoàng đế Franz Josef đã mô tả trước đây là ‘mỗi chút một thành phố của Đức’, đã được chuyển hoàn toàn vào quyền kiểm soát của người Séc; Các biển báo trên đường phố của Đức đã biến mất, và các tòa nhà lớn, chẳng hạn như Nhà hát Quốc gia và Bảo tàng Quốc gia đã phản ánh một quốc gia Séc ngày càng tự tin.
Sau khi Archduke Franz Ferdinand, người thừa kế ngai vàng của nhà Habsburgs, bị giết vào tháng 6 năm 1914, Đế quốc Áo Hung chìm trong Thế chiến thứ nhất. Nằm ngoài tàn tích của một nước Áo-Hungary bị chinh phục, Cộng hòa Séc độc lập được tuyên bố vào tháng 10 năm 1918, bao gồm Moravia, Slovakia và Bohemia. Tomáš Masaryk, một giáo sư triết học đáng kính , là tổng thống ban đầu của nước cộng hòa đầu tiên.
