การมาถึงของฮับส์บูร์ก
โบฮีเมียถูกปกครองโดยกษัตริย์ที่หายไปหลังจากการสิ้นพระชนม์ของจอร์จจนถึงปี ค.ศ. 1526 เมื่อราชวงศ์ฮับส์บูร์กอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ ราชวงศ์คาธอลิกที่ดุร้ายนี้ปกครองเหนือส่วนที่เหลือของจักรวรรดิอันศักดิ์สิทธิ์ของกรุงโรม และมุ่งความพยายามของพวกเขาในการปกป้องพรมแดนกับยุโรปจากภัยคุกคามที่สำคัญจากพวกออตโตมาน ในเวลานี้ ศาสนาโปรเตสแตนต์ได้พัฒนาจนได้รับอิทธิพล และกลุ่มศาสนาที่จริงจังของโบฮีเมียก็เป็นอีกปัญหาหนึ่งที่พวกเขาต้องเผชิญ
จักรพรรดิรูดอล์ฟที่ 2 ขึ้นครองบัลลังก์ในปี ค.ศ. 1576 และเปลี่ยนเมืองหลวงเป็นปราก (จากเวียนนา) การอุปถัมภ์ของจักรวรรดิได้ยกระดับวิทยาศาสตร์และศิลปะให้สูงขึ้นไปอีก และอาคารยุคเรอเนสซองส์อันน่าประทับใจก็เพิ่มความสง่างามของเมือง ความสำเร็จหลักของรูดอล์ฟคือกฎหมายที่อนุญาตให้มีการแสดงออกทางศาสนาอย่างเสรีต่อทั้งชาวโปรเตสแตนต์และชาวคาทอลิก อย่างไรก็ตาม กฎข้อนี้ไม่ได้ดำเนินต่อไปโดยเฟอร์ดินานด์ที่ 2 กษัตริย์คาทอลิกที่ขึ้นครองบัลลังก์ในปี ค.ศ. 1611 และการทะเลาะวิวาททางศาสนาที่เดือดพล่านก็เพิ่มขึ้นในไม่ช้า
การป้องกันในปี ค.ศ. 1618 ก่อให้เกิดสงคราม 30 ปีที่โชคร้าย เฟรเดอริกแห่งพาลาทิเนต กษัตริย์องค์ใหม่ได้รับเลือก อย่างไรก็ตาม ระหว่างปี ค.ศ. 1620 กองกำลังโปรเตสแตนต์ของเขาถูกกองกำลังของจักรพรรดิโค่นล้มบนเนินเขาเตี้ยๆ นอกกรุงปราก ‘Battle of White Mountain’ นี้ถือเป็นหนึ่งในวันที่แย่ที่สุดในประวัติศาสตร์ของประเทศ ผลที่ตามมาถูกทำลายโดยการประหารชีวิตชาวโปรเตสแตนต์ที่มีชื่อเสียงและการขับไล่ใครก็ตามที่ปฏิเสธที่จะเป็นคาทอลิกจากปราก
ชัยชนะอันเด็ดขาดของเฟอร์ดินานด์ได้เปลี่ยนแปลงสภาพกรุงปรากที่อ่อนล้าในเวลานี้ไปอย่างมาก นักประวัติศาสตร์ที่ตามมาอธิบายว่าช่วงเวลาต่อไปนี้เป็น ‘ความมืด’ ซึ่งเป็นยุคที่ชาวเช็กเป็นชนกลุ่มใหญ่ที่ถูกกดขี่ภายในประเทศของตนเอง: ผู้ปกครองของพวกเขาไม่ว่าจะถูกฆ่าหรือถูกไล่ออก ภาษาของพวกเขาถูกกีดกัน และศาสนาที่พวกเขาเลือกก็ถูกสั่งห้าม นี่เป็นความจริงส่วนใหญ่ ที่ดินของโปรเตสแตนต์ที่ถูกยึดได้ขายลดราคาให้กับผู้สนับสนุน Habsburgs ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวต่างชาติ (โดยเฉพาะชาวเยอรมัน) ภาษาเยอรมันถูกนำมาใช้เป็นภาษาของสังคมที่สุภาพ และในที่สุด ภาษาเช็กก็เป็นภาษาพูดของคนจนและชาวนาในเมืองเท่านั้น กลุ่มศาสนาอื่นๆ เช่น เยสุอิต พยายามกำจัดส่วนที่เหลือของนิกายโปรเตสแตนต์ แต่มันไม่ใช่ความหายนะและความเศร้าโศกทั้งหมด หลังจากที่ประเทศหลุดพ้นจากความขัดแย้งเป็นเวลาหลายปี ความเจริญรุ่งเรืองด้านการก่อสร้างได้เปลี่ยนชนบทและเมืองต่างๆ ด้วยความมหัศจรรย์ของสถาปัตยกรรมและศิลปะแบบบาโรก อย่างไรก็ตาม ความตึงเครียดระหว่างพลเมืองที่พูดภาษาเช็กของปรากกับพลเมืองที่พูดภาษาเยอรมันจะยังคงดำเนินต่อไปในศตวรรษที่ 20 และมีผลกระทบในวงกว้าง
การป้องกันที่ 2 ของปราก
เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม ค.ศ. 1618 เหล่าข้าราชบริพารที่ตกเป็นหิน 2 คนถูกขังอยู่ใน ปราสาทปราก พร้อมกับศัตรูชาวโปรเตสแตนต์ผู้อาฆาตแค้น แต่เสียงร้องของพวกเขากลับกลายเป็นว่าคนหูหนวก พวกเขาถูกบังคับให้ไปที่หน้าต่างพร้อมกับเลขาผู้เคราะห์ร้ายของพวกเขา พวกเขาถูกผลักออกไป แม้ว่า 1 ในนั้นจะยึดติดกับธรณีประตูอย่างสิ้นหวัง จนกระทั่งเขาถูกมัดด้วยมีดอย่างรวดเร็ว การตกลงไปในคูน้ำที่อยู่เบื้องล่างนั้นน่าจะเพียงพอที่จะฆ่าพวกเขาได้ อย่างไรก็ตาม พวกเขารอดชีวิตมาได้และพยายามหลบหนีจากความประหลาดใจของทุกคน บัญชีคาทอลิกของเหตุการณ์ระบุว่าการล่มสลายของพวกเขาถูกทำลายอย่างน่าอัศจรรย์โดยพระแม่มารี นิกายโปรเตสแตนต์และที่น่าเชื่อถือกว่านั้นระบุว่าขยะจำนวนมหาศาลที่สะสมอยู่ในคูเมืองได้ทำลายการล่มสลายของพวกมันแล้ว
ประเทศชาติตื่นขึ้นในศตวรรษที่ยี่สิบ
ในช่วงศตวรรษที่สิบแปด การปกครองของราชวงศ์ฮับส์บูร์กเริ่มมีความเสรีมากขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงรัชสมัยของจักรพรรดิโจเซฟที่ 2 (1780-90) การปฏิรูประบบการศึกษาของเขาได้สร้างคนเช็กรุ่นที่มีความรู้และตระหนักถึงประวัติศาสตร์ที่ผ่านมาและการกดขี่ในปัจจุบันของพวกเขามากขึ้น ตลอดช่วงต้นศตวรรษที่ 19 ชนชั้นสูงทางปัญญาได้ปรากฏตัวขึ้นเพื่อนำภาษาเช็กกลับคืนสู่ความโดดเด่น ส่งเสริมวรรณกรรมและการล็อบบี้เพื่อสิทธิเช็กในจักรวรรดิ ในปลายศตวรรษ ปราก ซึ่งจักรพรรดิฟรันซ์ โจเซฟ อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ว่า ‘ทุก ๆ มุมเมืองในเยอรมนี’ ได้ถูกส่งต่อไปยังการควบคุมของชาวเช็กโดยสิ้นเชิง ป้ายถนนในเยอรมนีได้หายไปแล้ว และอาคารขนาดใหญ่ เช่น โรงละครแห่งชาติและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ สะท้อนให้เห็นประเทศเช็กที่มีความมั่นใจมากขึ้น
เมื่ออาร์ชดยุกฟรานซ์ เฟอร์ดินานด์ ซึ่งเป็นทายาทแห่งบัลลังก์แห่งราชวงศ์ฮับส์บูร์ก ถูกสังหารในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2457 จักรวรรดิออสเตรียฮังการีก็จมอยู่ในสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง สาธารณรัฐเช็กอิสระได้รับการประกาศในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2461 ซึ่งประกอบด้วยโมราเวีย สโลวาเกีย และโบฮีเมีย จากเศษซากของออสเตรีย-ฮังการีที่พิชิตได้ Tomáš Masaryk ศาสตราจารย์ด้านปรัชญา ที่ ได้รับการยกย่องเป็นประธานาธิบดีคนแรกของสาธารณรัฐ
