Karl IV:s guldålder
År 1306 valdes Johannes av Luxemburg till kung av Böhmen, främst tack vare hans äktenskap med en Přemyslid-prinsessa och det faktum att han var son till Henrik VII, den helige romerske kejsaren. Han hittades sällan i Prag, men han var trots detta en legendarisk figur efter sin död. Trots att han var praktiskt taget blind, kämpade han fram till döden tillsammans med fransmännen 1346, i slaget vid Crécy.
Vid sidan av John i striderna fanns Charles (född Václav) – en man som skulle bli en av Böhmens mest kända ledare. Efter att han valdes till kung, valdes han också till den helige romerska kejsaren, och han började göra Prag till sin kejserliga huvudstad. Han höjde Prags status till ett ärkebiskopsråd; han började då också bygga en katedral i staden, som skulle få namnet St. Vitus. Samtidigt grundade han Centraleuropas första universitet någonsin, kallat Charles University . Några av hans andra prestationer inkluderar grundandet av New Town, byggnaden av Karlštejn Castle (designad för att hysa kronjuvelerna), och återuppbyggda Vyšehrad och medeltida befästningar.
1378 dog Charles och allt började falla samman. Hans efterträdare var hans son, Václav IV, och han var en fattig härskare. Han lät sociala och religiösa spänningar stiga, vilket ledde till att Prag led både ekonomiskt och kulturellt. Det gjorde också att den tjeckiske predikanten Jan Hus kunde resa sig.