Хабзбуршки долазак
Бохемијом су владали одсутни краљеви након Георгеове смрти до 1526. године када су Хабзбурговци преузели престо. Ова жестоко католичка династија управљала је остацима римског Светог царства и концентрисала своје напоре на чување својих граница са Европом од значајне претње од Османлија. У то време, протестантска религија се развила у снажан утицај, а озбиљне верске фракције у Бохемији биле су само још један проблем са којим су се морале борити.
Цар Рудолф Други ступио је на престо 1576. и променио престоницу у Праг (из Беча). Империјално спонзорство подигло је науку и уметност на веће висине, а импресивне ренесансне зграде додале су сјају града. Рудолфово главно достигнуће био је закон који је дозвољавао слободно верско изражавање и протестантима и католицима. Без обзира на то, овај закон није наставио Фердинанд Други, католички краљ који је преузео престо 1611. године, и убрзо су се захуктале верске свађе.
Дефенестација из 1618. године покренула је несрећни 30-годишњи рат. Изабран је нови краљ Фридрих од Палатината. Међутим, током 1620, његове протестантске снаге су истеране од стране царских снага на ниско брдо изван Прага. Ова ‘Битка на Белој планини’ се сматра једним од најгорих дана у историји земље. Последице су биле покварене јавним погубљењима истакнутих протестаната и протеривањем из Прага свакога ко је одбио да буде католик.
Одлучујућа победа Фердинанда драматично је променила сада већ исцрпљену државу Прага. Каснији историчари описали су следећи период као „мрак“, еру када је чешки народ био потлачена већина у својој земљи: њихови владари су или убијани или протеривани, њихов језик је забачен, а њихова религија по избору забрањена. Ово је углавном било тачно. Заплењена протестантска имања продавана су по сниженим ценама присталицама Хабзбурговаца, који су углавном били странци (посебно Немци). Немачки је прихваћен као језик пристојног друштва, а чешки су на крају говорили само градски сиромашни и сељаци. Друге верске групе, попут језуита, покушале су да искорене последње остатке протестантизма. Али, није све била пропаст. Након што је земља изашла из дугогодишњег сукоба, грађевински бум је трансформисао село и градове са чудима барокне архитектуре и уметности. Ипак, тензије између Прага који говоре чешки и грађана који говоре немачки остаће иу двадесетом веку и имале су далекосежне последице.
Прашка 2. дефенестација
Заробљени унутар Прашког замка са својим осветољубивим протестантским непријатељима 23. маја 1618. године, 2 скамењена царска званичника су вапила за милост, али су њихови вапаји остали без слуха. Натерани на прозор са својом несрећном секретарицом, изгурани су напоље, иако се један од њих очајнички држао за праг све док га није извукао брзим ударцем ножа. Њихов пад у јарак далеко испод требао је бити довољан да их убије; ипак су преживели и успели да побегну на опште чуђење. У католичком извештају о инциденту стоји да је њихов пад на чудесан начин прекинула Девица Марија. Протестантски, и вероватно веродостојнији, извештај каже да је огромна количина смећа нагомиланог у јарку прекинула њихов пад.
Нација се буди у двадесетом веку
Током осамнаестог века, владавина Хабзбурга је почела да постаје либералнија, посебно за време владавине цара Јосифа Другог (1780-90). Његове реформе образовног система створиле су генерацију Чеха који је био писмен и који је постао свеснији своје претходне историје и свог садашњег угњетавања. Током раног деветнаестог века појавила се интелектуална елита, која је вратила чешки језик на истакнутост, промовишући његову књижевност и лобирајући за чешка права у Царству. На крају века, Праг, који је цар Франц Јозеф раније описао као ‘сваки немачки град’, у потпуности је прешао под контролу чешког народа; Немачки улични знакови су нестали, а велике зграде, као што су Народно позориште и Национални музеј, одражавале су чешку нацију која има све самопоуздање.
Када је надвојвода Франц Фердинанд, који је био престолонаследник Хабзбурговаца, убијен у јуну 1914. године, Аустроугарска је уроњена у Први светски рат. Од остатака покорене Аустроугарске, октобра 1918. проглашена је независна Чешка, коју су чиниле Моравска, Словачка и Чешка. Томаш Масарик, цењени професор филозофије , био је први први председник републике.