Príchod Habsburgovcov
V Čechách vládli neprítomní králi po Jurajovej smrti až do roku 1526, keď si trón nárokovali Habsburgovci. Táto vehementne katolícka dynastia vládla nad zvyškami Rímskej Svätej ríše a sústredila svoje úsilie na stráženie svojich hraníc s Európou pred významnou hrozbou zo strany Osmanov. V tom čase sa protestantské náboženstvo vyvinulo do silného vplyvu a vážne náboženské frakcie v Čechách boli len ďalším problémom, s ktorým museli zápasiť.
V roku 1576 nastúpil na trón cisár Rudolf II. a zmenil hlavné mesto na Prahu (z Viedne). Imperiálne sponzorstvo posunulo vedu a umenie do väčších výšin a impozantné renesančné budovy dodali mestu nádheru. Rudolfovým hlavným úspechom bol zákon umožňujúci slobodné náboženské prejavy protestantom aj katolíkom. Ferdinand I., katolícky kráľ, ktorý nastúpil na trón v roku 1611, však v tomto zákone nepokračoval a tlejúce náboženské hašterenie sa čoskoro zvýšilo.
Defenestrácia v roku 1618 spustila nešťastnú 30-ročnú vojnu. Bol zvolený Fridrich Falcký, nový kráľ. V roku 1620 však boli jeho protestantské sily vytlačené cisárskymi silami na nízkom kopci za Prahou. Táto „Bitka na Bielej hore“ je považovaná za jeden z najhorších dní v histórii krajiny. Následky boli zničené verejnými popravami prominentných protestantov a vyhnaním z Prahy každého, kto odmietol byť katolíkom.
Rozhodujúce víťazstvo Ferdinanda dramaticky zmenilo teraz unavený stav Prahy. Ďalší historici opísali nasledujúce obdobie ako „temnotu“, éru, keď boli Česi utláčanou väčšinou vo svojej vlastnej krajine: ich vládcovia boli buď zabití, alebo vyhnaní, ich jazyk bol odsunutý na vedľajšiu koľaj a ich náboženstvo bolo zakázané. Toto bola z veľkej časti pravda. Zabraté protestantské majetky sa predávali za znížené ceny prívržencom Habsburgovcov, ktorými boli najmä cudzinci (najmä Nemci). Nemčina bola prijatá ako jazyk zdvorilej spoločnosti a nakoniec češtinou hovorila len mestská chudoba a roľníci. Iné náboženské skupiny, ako napríklad jezuiti, sa snažili vykoreniť posledné zvyšky protestantizmu. Nebolo to však všetko len záhuba a pochmúrnosť. Po tom, čo sa krajina vymanila z dlhoročného konfliktu, stavebný boom premenil vidiek a mestá na zázraky barokovej architektúry a umenia. Napriek tomu by napätie medzi pražskými česky hovoriacimi a nemecky hovoriacimi občanmi pretrvalo až do dvadsiateho storočia a malo ďalekosiahle následky.
Pražská 2. defenestrácia
Dvaja skamenení cisárski úradníci, uväznení na Pražskom hrade so svojimi pomstychtivými protestantskými nepriateľmi 23. mája 1618 , volali o milosť, ale ich výkriky doľahli na hluché uši. Prinútení k oknu so svojou nešťastnou sekretárkou ich vytlačili von, hoci jeden z nich sa zúfalo držal parapetu, až kým ho rýchlou ranou nožom nezbalil. Ich pád do priekopy ďaleko pod nimi mal stačiť na to, aby ich zabil; prežili však a na počudovanie všetkých sa im podarilo utiecť. Katolícka správa o incidente uvádza, že ich pád zázračne zlomila Panna Mária. Protestantská a možno aj dôveryhodnejšia správa uvádza, že obrovské množstvo odpadkov nahromadených v priekope zničilo ich pád.
Národ sa prebúdza v dvadsiatom storočí
V osemnástom storočí sa vláda Habsburgovcov začala viac liberálne rozvíjať, najmä za vlády cisára Jozefa II. (1780-90). Jeho reformy školstva vytvorili generáciu Čechov, ktorí boli gramotní a ktorí si viac uvedomovali svoju predchádzajúcu históriu a súčasný útlak. Začiatkom devätnásteho storočia sa objavila intelektuálna elita, ktorá vrátila češtinu na výslnie, propagovala svoju literatúru a lobovala za české práva v ríši. Na konci storočia bola Praha, ktorú cisár František Josef predtým označil za „nemecké mesto“, úplne odovzdaná českým ľuďom; Nemecké značky ulíc zmizli a veľkolepé budovy, ako napríklad Národné divadlo a Národné múzeum, odrážali čoraz sebavedomejší český národ.
Keď bol v júni 1914 zabitý arcivojvoda František Ferdinand, následník trónu Habsburgovcov, Rakúsko Uhorsko sa ponorilo do prvej svetovej vojny. Zo zvyškov dobytého Rakúsko-Uhorska bola v októbri 1918 vyhlásená samostatná Česká republika pozostávajúca z Moravy, Slovenska a Čiech. Prvým prezidentom prvej republiky bol Tomáš Masaryk , vážený profesor filozofie.