Atentát na Reinharda Heydricha
V septembri 1941 2. veliteľ SS a osobný obľúbenec Hitlera Reinhard Heydrich, ktorý bol jedným zo strojcov holokaustu, súhlasil s nahradením neúspešného Otta Neuratha na poste českého guvernéra. Heydrich dokonale chápal podiel, ktorý mal nacistami založený Protektorát Morava a Čechy na vojnovom úsilí Nemecka, keďže v obrovsky industrializovanej oblasti sa nachádzali 2 najväčšie zbrojovky v Európe – jedna v Brne a druhá v Plzni . .
Keď množstvo sabotážnych incidentov vyzeralo, že by mohli prerušiť dodávky na východný front, sústredený Heydrich prišiel do Prahy so zlovestným plánom typu mrkva a bič. Zatiaľ čo zvyšoval výhody pre robotníkov – naklonil si českú robotnícku triedu topánkami, kúpeľnými dovolenkami a mäsom – zúrivo útočil aj na najmenší náznak opozície alebo zakázaných ekonomických aktivít.
Česká vláda sa zároveň v očiach Británie stretávala s krízou dôveryhodnosti. Po tom, čo Briti podpísali Mníchovský pakt (čo bol zmierovací pakt, ktorý pripojil sudetskú oblasť Československa k nacistom), tisíce Slovákov a Čechov odcestovalo bojovať do zámoria. Tých pár, čo zostalo v okupovanej krajine, sa zapojilo do podzemného odboja. Okrem toho, namiesto okupácie Československa mohol kabinet sympatických českých pomocníkov pomôcť vládnuť tu nacistom. Exilový premiér Edvard Beneš bol spojencami považovaný za samozvaného hovorcu spolupáchateľskej krajiny.
V tejto súvislosti boli 2 parašutisti Jan Kubiš a Jozef Gabčík vybraní a vycvičení v Škótsku britskými špeciálnymi operáciami na tajnú a – ako im bolo povedané od začiatku – samovražednú operáciu s cieľom zavraždiť Heydricha.
27. mája 1942 ráno cestoval Heydrich z kopca Kobylisy na každodenné dochádzanie. Keď jeho otvorené auto bez sprievodu znížilo rýchlosť pri vlásenkovej zákrute, Gabčík vyskočil pred Heydrichovo vozidlo, namieril na Heydricha samopal Sten, ktorý mal, a stlačil spúšť. Zbraň však nefungovala (pravdepodobne sa zasekla).
Heydrich nariadil svojmu šoférovi, aby zastavil, a vytiahol vlastnú zbraň. V tej chvíli prišiel zozadu Kubiš a hodil podomácky vyrobený granát, ktorý minul a vybuchol mimo vozidla. Tento výbuch však stačil na zranenie Heydricha, ktorého previezli do miestnej nemocnice, kde o niekoľko dní zomrel. Počas jeho pohrebu – čo bola najprestížnejšia nacistická pohrebná udalosť vôbec – sa Hitler zdal byť skutočne rozrušený a Heydrich bol vyhlásený za vzor pre všetkých členov SS.
V protektoráte bola reakcia nacistov barbarská. Bolo vyhlásené stanné právo, 2 dediny boli okamžite zdemolované a v nasledujúcich mesiacoch bolo zabitých 5000 ľudí. Za informácie vedúce k zatknutiu vrahov bola vypísaná odmena. Člen iného oddielu výsadkárov Karel Čurda udal svojich kolegov. Dňa 18. júna o 4:15 sa gestapo priblížilo ku kostolu Metoda a sv. Cyrila , v ktorom sa dvaja parašutisti ukrývali na Resslovej ulici. Po dvoch hodinách bojov bol Kubiš, strážiaci loď kostola, zabitý spolu s ďalšími 2 strážcami. Gabčík si spolu s ďalšími 3 parašutistami vzal život v krypte pod ním.
Názory na Heydrichovu vraždu sa v priebehu rokov menili. Mnohí boli zdesení stratou životov a verili, že v podstate eliminovala českú podzemnú opozíciu. Keďže misia pochádzala od Angličanov (na rozdiel od Sovietov alebo z domácich zdrojov), malo to za následok aj problémy po prevzatí moci komunistami. Misia bola oficiálne vykreslená ako symbolická, no krátkozraká.
V týchto dňoch historici dopĺňajú obete, ktoré boli prinesené. V dňoch nasledujúcich po misii vláda v Británii odvolala svoj podpis na Mníchovskom pakte, čím uznala predvojnové hranice Československa; francúzska vláda to tiež urobila 2 mesiace potom. Heydrich, ktorého atentát patril medzi najpozoruhodnejšie odbojové činy v okupovanej Európe, bol najvyšším nacistickým dôstojníkom zabitým počas výkonu funkcie. Pri výročiach atentátu českí politici zdobia dlažbu pri krypte kvetmi a vencami. V roku 2009 bolo miesto, kde došlo k atentátu na Heydricha (v susedstve diaľnice Terezín na severe mesta) konečne označené príslušným pamätníkom.