Sosirea Habsburgilor
Boemia a fost condusă de regi absenţi după moartea lui Jiří de Poděbrad şi până în 1526, când tronul a fost reclamat de Habsburgi. Această dinastie vehement catolică a guvernat rămăşiţele Sfântului Imperiu Roman şi şi-a concentrat eforturile pentru a păstra graniţele în Europa în ciuda ameninţării otomane. În această perioadă, religia protestantă avea o influenţă semnificativă, iar gravele rupturi religioase din Boemia au devenit încă o problemă cu care aveau de luptat.
Împăratul Rudolf al II-lea a urcat pe tron în 1576 şi a mutat capitala la Praga (din Viena). Prin sponsorizare imperială, ştiinţele şi artele au ajuns pe culmi înalte, iar impresionantele clădiri renascentiste au dat oraşului un plus de splendoare. Cea mai mare realizare a lui Rudolf a fost o lege prin care oferea posibilitatea exprimării libere a religiei atât pentru protestanţi cât şi pentru catolici. Însă această lege nu a fost preluată şi de Ferdinand al II-lea, regele catolic care a urcat pe tron în 1611, iar tensiunile şi gâlcevile religioase au izbucnit curând.
Defenestrarea din 1618 a atras după sine nefericitul Război de 30 de ani. Frederic al V-lea, Elector Palatin, a fost ales ca nou rege. Însă, în 1620, forţele sale protestante au fost demise de forţele imperiale pe un deal jos chiar lângă Praga. Bătălia de pe Muntele Alb este privită ca una dintre cele mai nefericite zile din istoria ţării. Bilanţul final a fost spulberat de executarea publică a protestanţilor de vază şi expulzarea din Praga a oricui refuza să îmbrăţişeze catolicismul.
Victoria decisivă a lui Ferdinand a afectat dramatic statul „uzat” al Pragăi. Perioada care a urmat a fost numită ulterior de istorici „de întuneric”, o epocă în care poporul ceh devenise o majoritate oprimată în propria ţară: conducătorii săi erau fie ucişi fie izgoniţi, limba marginalizată, iar religia aleasă interzisă. Acest lucru a fost în mare măsură adevărat. Proprietăţi imense ale protestanţilor au fost vândute la preţ redus în favoarea suporterilor Habsburgilor, care erau în marea lor majoritate străini (mai ales nemţi). Germana a fost adoptată ca limba lumii bune, iar ceha era vorbită eventual de orăşenii săraci şi de ţărănime. Alte grupări religioase, ca iezuiţii, au încercat să eradicheze ultimele urme ale protestantismului. Însă nu a fost numai osândă şi jale. După ce ţara a ieşit din anii de conflicte, un boom constructiv a transformat oraşele ţării cu minuni de arhitectură şi artă barocă. Totuşi, tensiunile dintre populaţia vorbitoare de limbă cehă şi cetăţenii vorbitori de germană s-au perpetuat până în secolul al XX-lea, cu consecinţe pe termen lung.
A doua defenestrare la Praga
Prinşi în Castelul Praga de inamicii protestanţi răzbunători pe 23 mai 1618, doi 2 oficiali imperiali au cerut clemenţă, însă nu au fost auziţi. Forţaţi să urce pe fereastră împreună cu nefericitul lor secretar, aceştia au fost împinşi în afară, cu toate că unul dintre ei a stat agăţat disperat de pervaz până a primit o lovitură scurtă de cuţit. Căderea în şanţul de dedesubt de la o asemenea distanţă ar fi trebuit să fie suficientă pentru a-i ucide, însă, spre uimirea tuturor, au supravieţuit şi au reuşit să evadeze. Relatările catolice asupra incidentului susţin că Fecioara Maria le-a întrerupt în chip miraculos căderea. Relatările protestante, probabil mai credibile, susţin că evadaţii au fost salvaţi de cantitatea uriaşă de gunoi care se adunase în şanţ atenuând impactul.
Trezirea naţiunii în secolul al XX-lea
În secolul al XVIII-lea, dominaţia habsburgică a început să devină mai liberală, mai ales în timpul domniei împăratului Iosif al II-lea (1780-90). Reformele sale în sistemul educaţional au creat o generaţie de cehi alfabetizaţi, mai conştienţi de propria istorie şi de opresiunile prezentului. La începutul secolului al XIX-lea a apărut o elită de intelectuali care a readus în uz limba cehă prin promovarea literaturii şi susţinerea drepturilor cehe în cadrul imperiului. La finele secolului, Praga, descrisă anterior de către împăratul Franz Josef ca „germană până la ultimul detaliu”, trecuse în totalitate sub controlul poporului ceh; dispăruseră semnele stradale nemţeşti, iar clădirile mari, cum ar fi Teatrul Naţional şi Muzeul Naţional reflectau o naţiune cehă tot mai încrezătoare.
După uciderea arhiducelui Franz Ferdinand, care era moştenitorul la tronul habsburg, în iunie 1914, Imperiul Austro-Ungar a intrat în Primul Război Mondial. Din Rămăşiţele Austro-Ungariei cucerite a fost proclamată în octombrie 1918 Republica Cehă, care cuprindea Moravia, Slovacia şi Boemia. Tomáš G Masaryk, un stimat profesor de filosofie, a fost primul preşedinte al republicii.