În timpul şi după Cel de al Doilea Război Mondial

Acumularea de tensiuni între majoritatea slovacă şi cehă pe de o parte şi minoritatea germană din ţară a atins punctul maxim în 1938 când Hitler a ordonat autodeterminarea pentru populaţia vorbitoare de limbă germană din Cehoslovacia. Pentru a-l satisface pe Hitler, Franţa şi Marea Britanie au renunţat la graniţe. În martie 1939, după ce i-a convins pe naţionaliştii slovaci să se retragă şi să formeze un „Stat Slovac” aproape fascist şi ostentativ independent, Hitler a transformat restul ţării în „Protectoratul Boemia Moravia”, sau Germania Mare. Au urmat şase ani lungi de guvernare violentă înainte ca trupele ruseşti să descindă în oraş în mai 1945.

La alegerile parlamentare din 1946, Partidul Comunist a obţinut aproape 40% din voturi. Edvard Beneš, preşedintele non comunist de dinainte de război a fost reales şi a cerut liderului veteran al comuniştilor, Klement Gottwald, să facă un guvern de coaliţie. În 1948, numeroşi politicieni non comunişti au demisionat pentru a protesta împotriva politicilor sale. În acest punct, Gottwald a umplut guvernul cu suporterii săi. După ce Jan Masaryk (fiul lui Tomáš), popularul Ministru de Externe non comunist, a fost descoperit mort sub fereastra biroului său în ministerul de externe, zvonurile au spus că fusese victima unei defenestrări.

În calitate de nou conducător, Gottwald a schiţat un program economic pe 5 ani, a desfiinţat clerul şi şi-a eliminat oponenţii din interiorul şi din afara partidului său; mulţi au fost ucişi, iar mii de oameni au fost arestaţi. Procese de faţadă au fost conduse sub Antonín Novotný, în timp ce ţăranii au fost obligaţi să intre în colective.

Primăvara Pragheză din 1968 a fost de scurtă durată. Acestea au fost eforturile comuniştilor reformişti conduşi de Alexander Dubček (un slovac) de a schimba sistemul şi de a produce un stat comunist „cu faţă umană”. Aceste eforturi nu au dat roade şi au fost zădărnicite de tancurile sovietice care au trecut prin ţară în luna august. În următoarele două decenii, au fost din nou la putere comuniştii de extremă stânga, mituind populaţia cu rafturi de magazine pline cu consumabile, cu toate că de calitate proastă. Cei câţiva disidenţi rămaşi, printre care dramaturgul Václav Havel, au trecut print-o rutină de persecuţii şi hărţuiri.