Przybycie Habsburgów
Po śmierci Jerzego Czechami rządzili nieobecni królowie, aż do 1526 r., kiedy to na tronie zasiedli Habsburgowie. Ta zdecydowanie katolicka dynastia sprawowała rządy nad pozostałościami Świętego Cesarstwa Rzymskiego i skupiła swoje wysiłki na ochronie granic z Europą przed poważnym zagrożeniem ze strony Turków osmańskich. W tym czasie religia protestancka stała się bardzo wpływowa, a poważne odłamy religijne w Czechach stanowiły kolejny problem, z którym trzeba było się zmierzyć.
Cesarz Rudolf II zasiadł na tronie w 1576 r. i zmienił stolicę na Pragę (z Wiednia). Cesarski mecenat wyniósł naukę i sztukę na wyżyny, a imponujące renesansowe budowle dodały miastu splendoru. Głównym osiągnięciem Rudolfa było uchwalenie ustawy zezwalającej na swobodne wyrażanie przekonań religijnych zarówno protestantom, jak i katolikom. Mimo to Ferdynand II, król katolicki, który objął tron w 1611 r., nie kontynuował tego prawa, a narastające spory na tle religijnym szybko przybrały na sile.
Defenestracja w 1618 r. zapoczątkowała nieudaną wojnę 30-letnią. Nowym królem został wybrany Fryderyk z Palatynatu. Jednak w 1620 r. jego protestanckie siły zostały wyparte przez wojska cesarskie na niskim wzgórzu pod Pragą. Bitwa pod Białą Górą” jest uważana za jeden z najgorszych dni w historii kraju. Następstwem tego wydarzenia były publiczne egzekucje prominentnych protestantów i wypędzenia z Pragi wszystkich, którzy nie chcieli zostać katolikami.
Decydujące zwycięstwo Ferdynanda diametralnie zmieniło zmęczoną już Pragę. Późniejsi historycy opisali następny okres jako “ciemność”, epokę, w której naród czeski był uciskaną większością we własnym kraju: Ich władcy zostali zabici lub wypędzeni, ich język został zepchnięty na margines, a wybrana przez nich religia zakazana. W dużej mierze była to prawda. Skonfiskowane majątki protestanckie sprzedawano po zaniżonych cenach zwolennikom Habsburgów, którymi byli głównie cudzoziemcy (zwłaszcza Niemcy). Język niemiecki został przyjęty jako język towarzyski, a czeski stał się językiem używanym tylko przez biedotę miejską i chłopów. Inne grupy religijne, na przykład jezuici, próbowały wykorzenić ostatnie pozostałości protestantyzmu. Ale nie wszystko było takie smutne i ponure. Po tym, jak kraj wyszedł z wieloletniego konfliktu, boom budowlany przekształcił wieś i miasta w cuda architektury i sztuki barokowej. Mimo to napięcia między czeskojęzycznymi i niemieckojęzycznymi mieszkańcami Pragi utrzymywały się przez cały XX wiek i miały daleko idące konsekwencje.
Druga defenestracja w Pradze
Uwięzieni na zamku praskim wraz z mściwymi protestanckimi wrogami23 maja 1618 r. dwaj skamieniali urzędnicy cesarscy wołali o litość, ale ich wołanie pozostało bez echa. Wepchnięci na okno wraz z pechowym sekretarzem, zostali wypchnięci, choć jeden z nich desperacko trzymał się parapetu, dopóki nie został wyrzucony szybkim ciosem noża. Upadek do fosy położonej dużo niżej powinien był ich zabić, ale ku zdumieniu wszystkich przeżyli i udało im się uciec. Katolicka relacja o tym wydarzeniu mówi, że ich upadek został przerwany w cudowny sposób przez Matkę Bożą. Protestancka i prawdopodobnie bardziej wiarygodna wersja mówi, że ich upadek przerwała ogromna ilość śmieci nagromadzonych w fosie.
Naród budzi się w XX wieku
W XVIII wieku rządy Habsburgów stały się bardziej liberalne, zwłaszcza za panowania cesarza Józefa II (1780-90). Dzięki jego reformom systemu edukacji powstało pokolenie Czechów umiejących czytać i pisać, którzy stali się bardziej świadomi swojej historii i obecnych prześladowań. Na początku XIX wieku pojawiła się elita intelektualna, która przywróciła językowi czeskiemu należną mu rangę, promowała jego literaturę i lobbowała na rzecz praw Czech w Cesarstwie. Pod koniec stulecia Praga, którą cesarz Franciszek Józef opisywał jako “w każdym calu niemieckie miasto”, przeszła całkowicie pod kontrolę Czechów; zniknęły niemieckie znaki uliczne, a okazałe budynki, takie jak Teatr Narodowy i Muzeum Narodowe, odzwierciedlały coraz bardziej pewny siebie naród czeski.
Gdy w czerwcu 1914 r. zginął arcyksiążę Franciszek Ferdynand, następca tronu Habsburgów, Cesarstwo Austro-Węgierskie pogrążyło się w pierwszej wojnie światowej. Z resztek podbitych Austro-Węgier w październiku 1918 r. utworzono niepodległą Republikę Czeską, składającą się z Moraw, Słowacji i Czech. Pierwszym prezydentem republiki był Tomáš Masaryk, ceniony profesor filozofii.