Habsburg-ankomsten
Böhmen ble styrt av fraværende konger etter Georges død til 1526 da Habsburgerne krevde tronen. Dette heftig katolske dynastiet styrte over restene av Romas hellige imperium og konsentrerte sin innsats for å vokte sine grenser med Europa mot den betydelige trusselen fra osmanene. På denne tiden hadde den protestantiske religionen utviklet seg til en sterk innflytelse, og Böhmens seriøse religiøse fraksjoner var bare et annet problem de måtte kjempe med.
Keiser Rudolph den andre tok tronen i 1576 og endret hovedstaden til Praha (fra Wien). Keiserlig sponsing tok vitenskapen og kunsten til større høyder, og imponerende renessansebygninger lagt til byens prakt. Rudolphs viktigste prestasjon var en lov som tillot fri religiøst uttrykk for både protestanter og katolikker. Ikke desto mindre ble denne loven ikke videreført av Ferdinand den andre, den katolske kongen som tok tronen i 1611, og den ulmende religiøse kranglingen ble snart montert.
Ærekrenkelsen i 1618 utløste den skjebnesvangre 30-årskrigen. Frederick av Pfalz, en ny konge, ble valgt. Men i løpet av 1620 ble hans protestantiske styrker kastet ut av keiserlige styrker på en lav høyde utenfor Praha. Dette «Slaget ved Det hvite fjell» regnes som blant de verste dagene i landets historie. Etterdønningene ble ødelagt av offentlige henrettelser av fremtredende protestanter og utvisning, fra Praha, av alle som nektet å være katolikk.
Ferdinands avgjørende seier endret dramatisk den nå trette staten Praha. Etterfølgende historikere beskrev følgende periode som ‘Darkness’, en epoke da det tsjekkiske folket var et undertrykt flertall i sitt eget land: Deres herskere enten drept eller utvist, deres språk side-lined, og deres religion av valg forbudt. Dette var i stor grad sant. Beslaglagte protestantiske eiendommer ble solgt til reduserte priser til tilhengere av Habsburgerne, som hovedsakelig var utlendinger (spesielt tyskere). Tysk ble adoptert som høflig samfunnets språk, og til slutt ble tsjekkisk bare snakket av de urbane fattige og bønder. Andre religiøse grupper, som jesuittene, forsøkte å utrydde de siste restene av protestantismen. Men det var ikke bare undergang og dysterhet. Etter at landet kom ut av mange års konflikt, forvandlet en byggeboom landsbygda og byene med underverkene i barokkarkitektur og kunst. Likevel ville spenningene mellom Prahas tsjekkisktalende og tysktalende borgere forbli godt inn i det tjuende århundre og ha hatt vidtrekkende konsekvenser.
Prahas andre defenestration
mai 1618 ropte to forsteinede keiserlige embetsmenn om nåde, men deres rop falt på døve ører. Tvunget ut på vinduet med sin uheldige sekretær, ble de presset ut, selv om 1 av dem desperat klamret seg fast på vinduskarmen til han ble buntet ut av et raskt slag fra en kniv. Deres fall i vollgraven langt under burde ha vært nok til å drepe dem; Imidlertid overlevde de og klarte å flykte til alles forbløffelse. Den katolske beretningen om hendelsen sier at deres fall ble brutt mirakuløst av Jomfru Maria. Protestanten, og muligens mer troverdig, sier at den enorme mengden søppel som ble bygget opp i vollgraven hadde brutt fallet.
Nasjonen våkner i det tjuende århundre
I løpet av det attende århundre begynte Habsburgernes styre å bli mer liberal, spesielt under keiser Joseph den andres regjeringstid (1780-90). Hans utdanningssystemreformer skapte en generasjon tsjekkere som var litterære og som ble mer oppmerksomme på deres tidligere historie og deres nåværende undertrykkelse. Gjennom det tidlige nittende århundre oppstod en intellektuell elite, og brakte det tsjekkiske språket tilbake til fremtredende, fremmet sin litteratur og lobbyvirksomhet for tsjekkiske rettigheter i imperiet. Ved århundrets slutt hadde Praha, som keiser Franz Josef tidligere beskrev som «hver bit av en tysk by», blitt overført helt inn i det tsjekkiske folks kontroll; Tyske gateskilt hadde gått, og storslåtte bygninger, som Nationaltheatret og Nasjonalmuseet, reflekterte en stadig mer selvsikker tsjekkisk nasjon.
Da erkehertug Franz Ferdinand, som var arving til Habsburgernes trone, ble drept i juni 1914, ble det østerrikske ungarske riket nedsenket i første verdenskrig. Av restene av et erobret Østerrike-Ungarn ble den uavhengige Tsjekkia erklært i oktober 1918, bestående av Moravia, Slovakia og Böhmen. Tomáš Masaryk, en anerkjent filosofiprofessor, var den første republikkens første president.
