Habsburgu ierašanās
Pēc Džordža nāves Bohēmiju pārvaldīja klāt neesošie karaļi līdz 1526. gadam, kad uz troni pretendēja Habsburgi. Šī dedzīgi katoļu dinastija pārvaldīja Romas Svētās impērijas paliekas un koncentrēja savus spēkus, lai aizsargātu savas robežas ar Eiropu pret ievērojamajiem Osmaņu draudiem. Šajā laikā protestantu reliģija bija attīstījusies par spēcīgu ietekmi, un Bohēmijas nopietnās reliģiskās frakcijas bija tikai vēl viena problēma, ar kuru viņiem bija jācīnās.
Imperators Rūdolfs Otrais stājās tronī 1576. gadā un mainīja galvaspilsētu uz Prāgu (no Vīnes). Imperatora sponsorēšana pacēla zinātni un mākslu augstākos augstumos, un iespaidīgās renesanses ēkas papildināja pilsētas krāšņumu. Rūdolfa galvenais sasniegums bija likums, kas ļāva gan protestantiem, gan katoļiem brīvi paust reliģisko uzskatu. Tomēr šo likumu neturpināja Ferdinands Otrais, katoļu karalis, kurš ieņēma troni 1611. gadā, un virmojošās reliģiskās ķildas drīz vien pieauga.
1618. gada aizstāvēšanās izraisīja neveiksmīgo 30 gadu karu. Tika ievēlēts jauns karalis Frīdrihs no Pfalcas. Tomēr 1620. gadā viņa protestantu spēkus impērijas spēki padzina zemā kalnā ārpus Prāgas. Šī “Baltā kalna kauja” tiek uzskatīta par vienu no sliktākajām dienām valsts vēsturē. Sekas tika sabojātas ar ievērojamu protestantu publisku nāvessodu un ikvienu, kas atteicās būt katolis, izraidīšana no Prāgas.
Ferdinanda izšķirošā uzvara krasi mainīja tagad nogurušo Prāgas valsti. Sekojošie vēsturnieki raksturoja šo periodu kā “tumsu”, laikmetu, kad čehu tauta bija apspiests vairākums savā valstī: viņu valdnieki tika nogalināti vai padzīti, viņu valoda tika atstāta malā un viņu izvēlētā reliģija tika aizliegta. Lielā mērā tā bija taisnība. Sagrābtie protestantu īpašumi tika pārdoti par pazeminātām cenām Habsburgu atbalstītājiem, kas galvenokārt bija ārzemnieki (īpaši vācieši). Vācu valoda tika pieņemta kā pieklājīgas sabiedrības valoda, un galu galā čehu valodu runāja tikai pilsētu nabagi un zemnieki. Citas reliģiskās grupas, piemēram, jezuīti, centās izskaust pēdējās protestantisma paliekas. Taču tas nebija viss nolemtība un drūmums. Pēc tam, kad valsts izkļuva no daudzu gadu konflikta, būvniecības uzplaukums pārveidoja laukus un pilsētas ar baroka arhitektūras un mākslas brīnumiem. Tomēr spriedze starp Prāgas čehiski runājošajiem un vāciski runājošajiem pilsoņiem saglabāsies vēl divdesmitajā gadsimtā, un tai ir bijušas tālejošas sekas.
Prāgas 2. aizstāvēšana
1618. gada 23. maijā ieslodzīti Prāgas pilī ar saviem atriebīgajiem protestantu ienaidniekiem, 2 pārakmeņojušās imperatora amatpersonas sauca pēc žēlastības, taču viņu saucieni aizkrita uz nedzirdīgām ausīm. Piespiesti pie loga ar savu neveiksmīgo sekretāri, viņi tika izgrūsti ārā, lai gan viens no viņiem izmisīgi turējās pie sliekšņa, līdz viņu izsita ātrs naža sitiens. Viņu iekrišanai grāvī tālu zemāk vajadzēja pietikt, lai viņus nogalinātu; tomēr viņi izdzīvoja un visiem izdevās izglābties. Katoļu stāstā par notikušo teikts, ka viņu krišanu brīnumainā kārtā salauza Jaunava Marija. Protestantu un, iespējams, vairāk ticamu stāstu teikts, ka milzīgais atkritumu daudzums, kas bija sakrājies grāvī, bija salauzis viņu kritienu.
Tauta mostas divdesmitajā gadsimtā
Astoņpadsmitajā gadsimtā Habsburgu vara sāka kļūt liberālāka, īpaši imperatora Jāzepa Otrā valdīšanas laikā (1780-90). Viņa izglītības sistēmas reformas radīja čehu paaudzi, kas bija rakstpratīga un vairāk apzinājās savu iepriekšējo vēsturi un pašreizējo apspiešanu. Deviņpadsmitā gadsimta sākumā parādījās intelektuālā elite, kas atkal izvirzīja čehu valodu, popularizēja tās literatūru un lobēja čehu tiesības impērijā. Gadsimta beigās Prāga, ko imperators Francis Jozefs iepriekš aprakstīja kā “vismaz vācu pilsētu”, tika pilnībā nodota čehu pārziņā; Vācu ielu zīmes bija pazudušas, un grandiozās ēkas, piemēram, Nacionālais teātris un Nacionālais muzejs, atspoguļoja arvien drošāku čehu tautu.
Kad 1914. gada jūnijā tika nogalināts erchercogs Francs Ferdinands, kurš bija Hābsburgu troņmantnieks, Austroungārijas impērija iegrima Pirmajā pasaules karā. No iekarotās Austrijas-Ungārijas paliekām 1918. gada oktobrī tika pasludināta neatkarīgā Čehijas Republika, kas sastāvēja no Morāvijas, Slovākijas un Bohēmijas. Tomāšs Masaryks, cienījamais filozofijas profesors , bija pirmās republikas sākotnējais prezidents.
