Habsburgų atvykimas
Po Jurgio mirties Bohemiją valdė nesantys karaliai iki 1526 m., kai į sostą pretendavo Habsburgai. Ši griežta katalikų dinastija valdė Romos Šventosios imperijos likučius ir sutelkė pastangas, kad apsaugotų savo sienas su Europa nuo didelės Osmanų grėsmės. Tuo metu protestantų religija tapo stipria įtaka, o rimtos Bohemijos religinės grupuotės buvo tik dar viena problema, su kuria jie turėjo kovoti.
1576 metais imperatorius Rudolfas Antrasis įžengė į sostą ir pakeitė sostinę į Prahą (iš Vienos). Imperijos rėmimas iškėlė mokslus ir menus į aukštesnes aukštumas, o įspūdingi Renesanso pastatai papildė miesto puošnumą. Pagrindinis Rudolfo laimėjimas buvo įstatymas, leidžiantis laisvai reikšti religiją ir protestantams, ir katalikams. Nepaisant to, šio įstatymo netęsė Ferdinandas Antrasis, katalikų karalius, užėmęs sostą 1611 m., ir greitai įsiplieskė religiniai ginčai.
1618 m. gynyba sukėlė nelemtą 30 metų karą. Buvo išrinktas naujas karalius Frydrichas Pfalcas. Tačiau 1620 m. jo protestantų pajėgas imperijos pajėgos išstūmė ant žemos kalvos už Prahos. Šis „Baltojo kalno mūšis“ laikomas viena blogiausių dienų šalies istorijoje. Pasekmes sugadino viešos žymių protestantų egzekucijos ir visų, atsisakiusių būti katalikais, išvarymas iš Prahos.
Lemiama Ferdinando pergalė dramatiškai pakeitė dabar pavargusią Prahos valstybę. Vėlesni istorikai šį laikotarpį apibūdino kaip „tamsą“ – epochą, kai čekų tauta buvo prispausta dauguma savo šalyje: jų valdovai buvo nužudyti arba išvaryti, jų kalba buvo pašalinta, o pasirinkta religija buvo uždrausta. Tai iš esmės buvo tiesa. Užgrobti protestantų dvarai buvo parduodami sumažintomis kainomis Habsburgų šalininkams, kurie daugiausia buvo užsieniečiai (ypač vokiečiai). Vokiečių kalba buvo priimta kaip mandagios visuomenės kalba, o galiausiai čekų kalba kalbėjo tik miesto vargšai ir valstiečiai. Kitos religinės grupės, kaip jėzuitai, bandė išnaikinti paskutinius protestantizmo likučius. Tačiau ne viskas buvo pražūtis ir niūrus. Šaliai išgyvenus daugelį metų trukusio konflikto, statybos bumas pakeitė kaimą ir miestus baroko architektūros ir meno stebuklais. Nepaisant to, įtampa tarp Prahos čekiškai kalbančių ir vokiškai kalbančių piliečių išliks dar XX amžiuje ir turėjo toli siekiančių pasekmių.
2 -oji Prahos gynyba
1618 m. gegužės 23 d. įstrigę Prahos pilyje su savo kerštingais protestantų priešais, 2 suakmenėję imperijos pareigūnai šaukėsi pasigailėjimo, tačiau jų šauksmai krito į kurčias ausis. Prispausti prie lango su savo nelaiminga sekretore, jie buvo išstumti, nors vienas iš jų beviltiškai įsikibo į slenkstį, kol jį ištraukė greitas peilio smūgis. Jų kritimo į griovį gerokai žemiau turėjo pakakti, kad juos nužudytų; tačiau jie išgyveno ir sugebėjo pabėgti, visų nuostabai. Katalikų pasakojime apie įvykį rašoma, kad jų nuopuolį stebuklingai nutraukė Mergelė Marija. Protestantų ir, ko gero, labiau tikėtinų, pasakojime teigiama, kad griovyje susikaupusios didžiulės šiukšlės sulaužė jų griūtį.
Tauta atsibunda XX amžiuje
XVIII amžiuje Habsburgų valdžia pradėjo liberalėti, ypač valdant imperatoriui Juozapui Antrajam (1780–1790). Jo švietimo sistemos reformos sukūrė čekų kartą, kuri buvo raštinga ir geriau suvokė savo ankstesnę istoriją bei dabartinę priespaudą. Devynioliktojo amžiaus pradžioje atsirado intelektualus elitas, kuris vėl išpopuliarino čekų kalbą, reklamavo jos literatūrą ir lobisdavo už čekų teises imperijoje. Šimtmečio pabaigoje Praha, kurią imperatorius Francas Josefas anksčiau apibūdino kaip „viską Vokietijos miestu“, buvo visiškai perduota Čekijos žmonių kontrolei; Vokiečių gatvių ženklų nebeliko, o didingi pastatai, tokie kaip Nacionalinis teatras ir Nacionalinis muziejus, atspindėjo vis labiau pasitikinčią čekų tautą.
Kai 1914 m. birželį žuvo Habsburgų sosto įpėdinis erchercogas Pranciškus Ferdinandas, Austrijos Vengrijos imperija pasinėrė į Pirmąjį pasaulinį karą. Iš užkariautos Austrijos-Vengrijos liekanų 1918 m. spalį buvo paskelbta nepriklausoma Čekija, kurią sudarė Moravija, Slovakija ir Bohemija. Tomášas Masarykas, gerbiamas filosofijos profesorius , buvo pirmasis respublikos prezidentas.