Հաբսբուրգների ժամանումը
Բոհեմիան կառավարվում էր բացակայող թագավորների կողմից Գեորգի մահից հետո մինչև 1526 թվականը, երբ հաբսբուրգները հավակնեցին գահին: Այս կատաղի կաթոլիկ դինաստիան կառավարում էր Հռոմի Սուրբ կայսրության մնացորդները և կենտրոնացնում էր իրենց ջանքերը Եվրոպայի հետ իրենց սահմանները օսմանցիների զգալի սպառնալիքից պաշտպանելու վրա: Այդ ժամանակ բողոքական կրոնը վերածվել էր հզոր ազդեցության, և Բոհեմիայի լուրջ կրոնական խմբակցությունները պարզապես ևս մեկ խնդիր էին, որոնց հետ նրանք ստիպված էին պայքարել:
Կայսր Ռուդոլֆ Երկրորդը գահ բարձրացավ 1576 թվականին և մայրաքաղաքը փոխեց Պրահա (Վիեննայից): Կայսերական հովանավորությունը գիտությունն ու արվեստը հասցրեց ավելի մեծ բարձունքների, իսկ Վերածննդի դարաշրջանի տպավորիչ շենքերը ավելացրեցին քաղաքի շքեղությունը: Ռուդոլֆի գլխավոր ձեռքբերումը օրենքն էր, որը թույլ էր տալիս ազատ կրոնական արտահայտվել ինչպես բողոքականներին, այնպես էլ կաթոլիկներին: Այնուամենայնիվ, այս օրենքը չշարունակվեց Ֆերդինանդ Երկրորդի կողմից՝ կաթոլիկ թագավորը, որը գահը վերցրեց 1611 թվականին, և կրոնական եռացող վեճը շուտով աճեց:
1618-ի պաշտպանությունը սկիզբ դրեց չարաբաստիկ 30-ամյա պատերազմին: Ընտրվել է նոր թագավոր Ֆրիդրիխ Պֆալցին։ Այնուամենայնիվ, 1620 թվականին նրա բողոքական ուժերը կայսերական ուժերը դուրս մղեցին Պրահայից դուրս գտնվող ցածր բլրի վրա։ Այս «Սպիտակ լեռան ճակատամարտը» համարվում է երկրի պատմության ամենավատ օրերից մեկը: Հետևանքները վատթարացան նշանավոր բողոքականների հրապարակային մահապատիժներով և Պրահայից նրանց արտաքսմամբ, ովքեր հրաժարվեցին կաթոլիկ լինել:
Ֆերդինանդի վճռական հաղթանակը կտրուկ փոխեց այժմ արդեն հոգնած Պրահայ պետությունը։ Հետագա պատմաբանները հաջորդ ժամանակաշրջանը նկարագրեցին որպես «խավար», մի դարաշրջան, երբ չեխ ժողովուրդը ճնշված մեծամասնություն էր իր իսկ երկրում. նրանց կառավարիչները կա՛մ սպանվեցին, կա՛մ վտարվեցին, նրանց լեզուն կողք կողքի էր, և նրանց ընտրած կրոնն արգելված էր: Սա մեծ մասամբ ճիշտ էր: Բողոքականների գրաված կալվածքները իջեցված գներով վաճառվում էին Հաբսբուրգների կողմնակիցներին, որոնք հիմնականում օտարերկրացիներ էին (հատկապես գերմանացիներ)։ Գերմաներենը ընդունվեց որպես քաղաքավարի հասարակության լեզու, և, ի վերջո, չեխերենը խոսվեց միայն քաղաքային աղքատների և գյուղացիների կողմից: Այլ կրոնական խմբեր, ինչպես ճիզվիտները, փորձեցին արմատախիլ անել բողոքականության վերջին մնացորդները: Բայց ամեն ինչ չէ, որ կործանում ու խավարում էր։ Այն բանից հետո, երբ երկիրը դուրս եկավ երկար տարիների հակամարտությունից, շինարարական բումը վերափոխեց գյուղերն ու քաղաքները բարոկկո ճարտարապետության և արվեստի հրաշքներով: Այդուհանդերձ, Պրահայի չեխախոս և գերմանախոս քաղաքացիների միջև լարվածությունը կպահպանվի մինչև քսաներորդ դարը և կունենա հեռուն գնացող հետևանքներ:
Պրահայի 2- րդ պաշտպանություն
1618թ. մայիսի 23-ին, 2 քարացած կայսերական պաշտոնյաներ, 1618 թվականի մայիսի 23-ին, փակված Պրահայի ամրոցում իրենց վրիժառու բողոքական թշնամիների հետ, աղաղակեցին ողորմության համար, բայց նրանց աղաղակը խուլ ականջներին ընկավ: Իրենց դժբախտ քարտուղարի հետ ստիպողաբար պատուհանի վրա դրեցին, նրանց դուրս հրեցին, թեև նրանցից մեկը հուսահատորեն կառչեց շեմին, մինչև որ դանակի արագ հարվածով նրան դուրս հանեցին: Նրանց ցած ընկնելը խրամատի մեջ պետք է բավական լիներ նրանց սպանելու համար. սակայն նրանք ողջ են մնացել և կարողացել են փախչել՝ ի զարմանս բոլորի: Դեպքի մասին կաթոլիկական հաղորդագրության մեջ նշվում է, որ նրանց անկումը հրաշքով կոտրվել է Մարիամ Աստվածածնի կողմից: Բողոքական, և, հնարավոր է, ավելի վստահելի, արձանագրությունը նշում է, որ աղբի հսկայական քանակությունը, որը կուտակվել էր խրամատում, կոտրել էր նրանց անկումը։
Ազգը արթնանում է քսաներորդ դարում
XVIII դարում Հաբսբուրգների իշխանությունը սկսեց ավելի ազատական դառնալ, հատկապես կայսր Ջոզեֆ Երկրորդի օրոք (1780-90): Նրա կրթական համակարգի բարեփոխումները ստեղծեցին չեխերի մի սերունդ, ովքեր գրագետ էին և ավելի լավ գիտակցեցին իրենց նախկին պատմությունը և ներկայիս ճնշումները: Ողջ տասնիններորդ դարի սկզբին հայտնվեց մտավոր վերնախավը, որը չեխերենը նորից հայտնի դարձավ, քարոզեց նրա գրականությունը և լոբբինգ արեց կայսրությունում չեխական իրավունքների համար: Դարավերջին Պրահան, որը կայսր Ֆրանց Յոզեֆը նախկինում նկարագրել էր որպես «յուրաքանչյուր գերմանական քաղաք», ամբողջությամբ անցել էր չեխ ժողովրդի վերահսկողության տակ. Գերմանական փողոցների ցուցանակներն անհետացել էին, և մեծ շենքերը, ինչպիսիք են Ազգային թատրոնը և Ազգային թանգարանը, արտացոլում էին ավելի ու ավելի ինքնավստահ չեխ ազգը:
1914 թվականի հունիսին սպանվել է արքհերցոգ Ֆրանց Ֆերդինանդը, ով Հաբսբուրգների գահի ժառանգորդն էր, Ավստրո Հունգարական կայսրությունը ընկղմվեց Առաջին համաշխարհային պատերազմի մեջ: Նվաճված Ավստրո-Հունգարիայի մնացորդներից 1918 թվականի հոկտեմբերին հռչակվեց անկախ Չեխիայի Հանրապետությունը, որը բաղկացած էր Մորավիայից, Սլովակիայից և Բոհեմիայից։ Տոմաշ Մասարիկը, հարգարժան փիլիսոփայության պրոֆեսոր , առաջին հանրապետության սկզբնական նախագահն էր: