A Habsburgok érkezése
Csehországot György halála után távollévő királyok uralták egészen 1526-ig, amikor a Habsburgok megszerezték a trónt. Ez a hevesen katolikus dinasztia kormányozta Róma Szent Birodalom maradványait, és erőfeszítéseit az európai határok védelmére összpontosította az oszmánok jelentős veszélye ellen. Ebben az időben a protestáns vallás erős befolyást gyakorolt, és Csehország komoly vallási csoportjai csak egy újabb probléma, amellyel meg kellett küzdeniük.
Második Rudolf császár 1576-ban került a trónra, és a fővárost Prágára változtatta (Bécsből). A birodalmi szponzoráció magasabb szintre emelte a tudományokat és a művészeteket, és lenyűgöző reneszánsz épületek növelték a város pompáját. Rudolph fő vívmánya egy olyan törvény volt, amely lehetővé tette a vallás szabad véleménynyilvánítását a protestánsok és a katolikusok számára egyaránt. Ennek ellenére ezt a törvényt Második Ferdinánd, az 1611-ben trónra lépő katolikus király nem folytatta, és a forrongó vallási civódás hamarosan felerősödött.
Az 1618-as defenestráció elindította a balszerencsés 30 éves háborút. Pfalzi Frigyest, új királyt választottak. 1620 folyamán azonban protestáns csapatait a császári erők kiűzték egy Prágán kívüli alacsony dombra. Ezt a „fehérhegyi csatát” az ország történetének egyik legrosszabb napjaként tartják számon. Az utóhatásokat a prominens protestánsok nyilvános kivégzése és a prágai kiutasítások okozták, akik megtagadták, hogy katolikusok legyenek.
Ferdinánd döntő győzelme drámai módon megváltoztatta a mára megfáradt prágai államot. A későbbi történészek „sötétségként” írták le a következő időszakot, egy olyan korszakot, amikor a cseh nép elnyomott többség volt saját hazájában: uralkodóikat vagy megölték vagy elűzték, nyelvüket félrehúzták, választott vallásukat pedig betiltották. Ez nagyrészt igaz volt. A lefoglalt protestáns birtokokat csökkentett áron adták el a Habsburgok híveinek, akik főleg külföldiek (főleg németek) voltak. A németet az udvarias társadalom nyelveként fogadták el, és végül csak a városi szegények és parasztok beszélték a cseh nyelvet. Más vallási csoportok, mint például a jezsuiták, megpróbálták kiirtani a protestantizmus utolsó maradványait. De nem minden volt a végzet és a komor. Miután az ország kilábalt a sokéves konfliktusból, az építőipar fellendülése a barokk építészet és művészet csodáival alakította át a vidéket és a városokat. Mindazonáltal a prágai cseh és német ajkú polgárok közötti feszültség a huszadik századig is fennmarad, és messzemenő következményekkel jár.
Prága 2. defenestrációja
1618. május 23- án a prágai várban rekedt, bosszúálló protestáns ellenségeikkel két megkövült birodalmi hivatalnok kegyelemért kiált, de kiáltásaik süket fülekre találtak. Szerencsétlen titkárnőjükkel az ablakra kényszerítve őket kilökték, bár egyikük kétségbeesetten kapaszkodott a küszöbbe, amíg egy gyors kés ütése ki nem cipelte. Az árokba zuhanásuk jóval lent elég kellett volna ahhoz, hogy megöljék őket; azonban túlélték, és mindenki ámulatára sikerült megmenekülniük. Az esetről szóló katolikus beszámoló azt állítja, hogy bukásukat Szűz Mária törte meg csodával határos módon. A protestáns, és talán hihetőbb beszámoló azt állítja, hogy a vizesárokban felhalmozódott hatalmas mennyiségű szemét törte meg az esést.
A nemzet ébred a huszadik században
A tizennyolcadik század folyamán a Habsburgok uralma kezdett liberálissá válni, különösen a második József császár uralkodása idején (1780-90). Oktatási rendszerreformjai létrehozták a csehek nemzedékét, akik írástudóak voltak, és akik jobban megismerték korábbi történelmüket és jelenlegi elnyomásukat. A tizenkilencedik század elején megjelent egy értelmiségi elit, amely a cseh nyelvet ismét előtérbe helyezte, irodalmát népszerűsítette, és lobbizott a cseh jogokért a Birodalomban. A század végén Prága, amelyet Ferenc József császár korábban „minden része német városnak” nevezett, teljesen a csehek irányítása alá került; A német utcatáblák eltűntek, és az olyan hatalmas épületek, mint a Nemzeti Színház és a Nemzeti Múzeum egyre magabiztosabb cseh nemzetet tükröztek.
Miután 1914 júniusában megölték Ferenc Ferdinánd főherceget, a Habsburgok trónörökösét, az Osztrák Magyar Birodalom belemerült az első világháborúba. A meghódított Ausztria-Magyarország maradványai közül 1918 októberében kikiáltották a független Csehországot, amely Morvaországból, Szlovákiából és Csehországból állt. Tomáš Masaryk, a nagyra becsült filozófiaprofesszor volt az első köztársaság első elnöke.
