világháború és azon túl
A szlovák és cseh többség, valamint az ország jelentős német kisebbsége között felgyülemlett feszültség akkor érte el a tetőpontot, amikor 1938-ban Hitler önrendelkezést rendelt el Csehszlovákia német ajkú népe számára. Hitler megnyugtatására Franciaország és Nagy-Britannia lemondott az ország határvidékeiről. 1939 márciusában, miután meggyőzte a szlovák nacionalistákat, hogy vonuljanak ki, és hozzanak létre egy közel fasiszta, látszólag független „szlovák államot”, Hitler az ország többi részét „Cseh-Morva protektorátussá”, vagyis Nagy-Németországgá alakította. Hat hosszú évig tartó erőszakos uralom következett, mielőtt az orosz csapatok 1945 májusában felszabadították a várost.
Az 1946-os parlamenti választásokon a kommunista párt a szavazatok közel 40%-át szerezte meg. Ismét megválasztották Edvard Benešt, a háború előtti nem kommunista elnököt, aki a kommunisták veterán vezetőjét, Klement Gottwaldot kérte fel koalíciós kormány létrehozására. 1948-ban számos nem kommunista politikus lemondott, hogy tiltakozzanak politikája ellen. Ezen a ponton Gottwald megtöltötte a kormányt támogatóival. Miután Jan Masarykot (Tomáš fia), a közkedvelt, nem kommunista külügyminisztert holtan fedezték fel külügyminisztériumi irodája ablaka alatt, felröppent a pletyka, hogy defenestráció áldozata lett.
Új uralkodóként Gottwald egy 5 éves gazdasági programot vázolt fel, elnyomta a papságot és kiiktatta ellenfeleit pártján belül és kívül egyaránt; sok embert megöltek, és 1000 embert letartóztattak. A kirakatpróbákat Antonín Novotný vezetésével végezték, miközben a gazdálkodókat kollektívákba taszították.
Az 1968-as „prágai tavasz” rövid életű volt. Alexander Dubček (szlovák) által vezetett reformkommunisták erőfeszítése volt a rendszer megváltoztatása és egy „emberarcú” szocialista állam létrehozása. Ez nem sikerült, és meghiúsították a szovjet tankok, amelyek egész augusztusban lázadoztak az ország felett. A következő 2 évtizedben a visszahelyezett keményvonalas kommunisták voltak hatalmon, és megvesztegették a lakosságot azzal, hogy a boltok polcait fogyasztási cikkekkel pakolták meg, bár rossz minőségűek voltak. A megmaradt néhány disszidens, köztük Václav Havel drámaíró, rendszeres üldöztetésen és zaklatáson ment keresztül.