Habsburški dolazak
Bohemijom su vladali odsutni kraljevi nakon Georgeove smrti do 1526. godine kada su Habsburgovci preuzeli prijestolje. Ova žestoko katolička dinastija upravljala je ostacima rimskog Svetog Carstva i usredotočila svoje napore na čuvanje svojih granica s Europom od značajne prijetnje od Osmanlija. U to se vrijeme protestantska religija razvila u snažan utjecaj, a ozbiljne vjerske frakcije u Bohemiji bile su samo još jedan problem s kojim su se morali boriti.
Car Rudolf Drugi stupio je na prijestolje 1576. i promijenio glavni grad u Prag (iz Beča). Imperijalno sponzorstvo podiglo je znanost i umjetnost na veće visine, a impresivne renesansne građevine dodale su gradu sjaju. Rudolphovo glavno postignuće bio je zakon koji je dopuštao slobodno vjersko izražavanje i protestantima i katolicima. Unatoč tome, Ferdinand Drugi, katolički kralj koji je preuzeo prijestolje 1611. godine, ovaj zakon nije nastavio, a ubrzo su se zahuktale vjerske prepirke.
Defenestacija 1618. pokrenula je nesretni 30-godišnji rat. Izabran je novi kralj Fridrik od Palatinata. Međutim, tijekom 1620. godine, njegove protestantske snage su istisnute od strane carskih snaga na nisko brdo izvan Praga. Ova ‘Bitka kod Bijele planine’ smatra se jednim od najgorih dana u povijesti zemlje. Posljedice su bile pokvarene javnim pogubljenjima istaknutih protestanata i protjerivanjem iz Praga svakoga tko je odbio biti katolik.
Odlučujuća Ferdinandova pobjeda dramatično je promijenila sada umorno stanje Praga. Kasniji povjesničari opisali su sljedeće razdoblje kao ‘mraku’, doba kada je češki narod bio potlačena većina u svojoj zemlji: njihovi su vladari ili ubijani ili protjerani, njihov jezik zabačen, a njihova vjera po izboru zabranjena. Ovo je uglavnom bila istina. Zaplijenjeni protestantski posjedi prodavani su po sniženim cijenama pristašama Habsburgovaca, koji su uglavnom bili stranci (osobito Nijemci). Njemački je prihvaćen kao jezik pristojnog društva, a češki su naposljetku govorili samo gradska sirotinja i seljaci. Druge vjerske skupine, poput isusovaca, pokušale su iskorijeniti posljednje ostatke protestantizma. No, nije sve bila propast. Nakon što je zemlja izašla iz dugogodišnjeg sukoba, građevinski procvat preobrazio je krajolik i gradove čudima barokne arhitekture i umjetnosti. Ipak, napetosti između Praga koji govore češki i građana koji govore njemački ostat će i u dvadesetom stoljeću i imale su dalekosežne posljedice.
Praška 2. defenestracija
Zarobljeni unutar Praškog dvorca sa svojim osvetoljubivim protestantskim neprijateljima 23. svibnja 1618., 2 skamenjena carska službenika vapila su za milost, ali su njihovi vapaji ostali bez sluha. Natjerani na prozor sa svojom nesretnom tajnicom, izgurani su van, iako se jedan od njih očajnički držao za prag sve dok ga nije izvukao brzim udarcem noža. Njihov pad u jarak daleko ispod trebao je biti dovoljan da ih ubije; ipak su preživjeli i uspjeli pobjeći na sveopće čuđenje. Katolički izvještaj o incidentu navodi da je njihov pad čudesno slomila Djevica Marija. Protestantski, a možda i vjerodostojniji, izvještaj navodi da je ogromna količina smeća nakupljena u jarku prekinula njihov pad.
Nacija se budi u dvadesetom stoljeću
Tijekom osamnaestog stoljeća vladavina Habsburgovaca postaje liberalnija, osobito za vrijeme vladavine cara Josipa Drugog (1780-90). Njegove reforme obrazovnog sustava stvorile su naraštaj Čeha koji je bio pismen i koji je postao svjesniji svoje prethodne povijesti i svog sadašnjeg ugnjetavanja. Tijekom ranog devetnaestog stoljeća pojavila se intelektualna elita koja je vratila češki jezik na istaknutost, promicala njegovu književnost i lobirala za češka prava u Carstvu. Na kraju stoljeća Prag, koji je car Franz Josef prije opisao kao ‘svaki njemački grad’, u potpunosti je prešao pod kontrolu Čeha; Njemački ulični znakovi su nestali, a veličanstvene zgrade, poput Narodnog kazališta i Nacionalnog muzeja, odražavale su češku naciju koja ima sve samopouzdanje.
Nakon što je nadvojvoda Franz Ferdinand, koji je bio prijestolonasljednik Habsburgovaca, ubijen u lipnju 1914., Austro-Ugarsko je Carstvo uronjeno u Prvi svjetski rat. Od ostataka pokorene Austro-Ugarske, u listopadu 1918. proglašena je neovisna Češka Republika koju su činile Moravska, Slovačka i Češka. Tomáš Masaryk, cijenjeni profesor filozofije , bio je prvi republički predsjednik.