ההוסיטים
התקופה ההוסית היא אולי החשובה ביותר בהיסטוריה של צ'כיה, אבל היא ללא ספק המרגשת ביותר. יאן הוס היה פרופסור באוניברסיטה באוניברסיטת צ'ארלס , והוא היה מאמין חזק ברעיונותיו של התיאורטיקן האנגלי ג'ון וויקליף. הוס היה הגיבור הראשי בתנועה בעלת אמונה המבוססת על התנ"ך במקום על ההיררכיה הכנסייתית.
אולי אמונתו הרדיקלית ביותר הייתה שיש לאפשר לכל הנוצרים התייחדות מלאה, שכן בזמנו, רק חברי הכמורה הורשו לשתות את דמו של ישו. למעשה, חלק זה באמונותיו הפך כל כך ידוע, עד שהגביע המשמש לקהילה בא לסמל את ההוסיטים. הוא התגייס לרפורמה בכנסייה מאה שלמה לפני מרטין לותר וגם דגל באמונתו שאסור שאנשים יכולים לקנות פינוקים.
בשנת 1415, הוס זומן לקונסטנץ כדי להופיע בפני מועצת כנסייה. הוא הורשע בכפירה והועלה על המוקד כעונש.
מותו של הוס לא עצר את התנועה ההוסית – למעשה, הוא עורר אותה עוד יותר, ובוהמיה הפכה עד מהרה מלאה ברדיקלים דתיים. זה הוביל למלחמות ההוסיטים. מלחמות אלו החלו כאשר הפגנה בשנת 1419 של הוסיטים יצאה מכלל שליטה, כשהמפגינים נפלטו בכוח אל תוך בית העירייה החדש , לפני כן לזרוק כמה חברי מועצה קתוליים על ידי זריקתם מהחלון – משהו שהוא שיטה צ'כית מסורתית להרוג אנשים, כך נראה. לאחר שההוסיטים הרסו אז כמה מאזורי העיר, מלך בוהמיה, זיגיסמונד, החל במסעות צלב רבים נגד ההוסיטים, שהתפשטו הרבה מחוץ לגבולות בוהמיה. הוא הובס בגבעת ויטקוב באמצעות המנהיג ההוסיטי, יאן ז'יז'קה – אדם עם עין אחת בלבד. יש אנדרטה של ז'יז'קה במקום בו נערך הקרב היום.
יציבות הושגה כאשר מלך הוסי נבחר בשנת 1458, כאשר האיש הזה הוא המלך ג'ורג' מפודבראדי (Jiří z Poděbrad). אולם האצולה שבחרה בו לא עשתה זאת בשמחה. כאשר הוא מת, הם הזמינו את שושלת Jagiellon הפולנית לכבוש את כס המלכות הבוהמי, ובכך מנעו מהממלכה ליפול לידיהם של כופרים למשך זמן רב מדי. לאחר ולדיסלב השני, המלך הפולני, מת – לאחר שלטונו בסימן הגבלה של סמכויותיו על ידי האצילים הבוהמיינים וגם הוא העביר את הבירה לבודה ב-1490 – הוחלף בפרדיננד מהבסבורג, אחיו של הקיסר הרומאי הקדוש קרל. V. ההבסבורג ימשיך לשלוט בבוהמיה עד 1918.