Habsburgide saabumine
Böömimaal valitsesid pärast George’i surma äraolevad kuningad kuni aastani 1526, mil Habsburgid trooni nõudsid. See ägedalt katoliiklik dünastia valitses Rooma Püha impeeriumi jäänuseid ja koondas oma jõupingutused oma piiride valvamisele Euroopaga Osmanite olulise ohu eest. Sel ajal oli protestantlik religioon arenenud tugevaks mõjuvõimuks ja Böömimaa tõsised usurühmitused olid veel üks probleem, millega nad pidid võitlema.
Keiser Rudolf Teine asus troonile 1576. aastal ja muutis pealinnaks Praha (Viinist). Keiserlik sponsorlus viis teadused ja kunstid kõrgemale ning muljetavaldavad renessansiaegsed hooned lisasid linnale hiilgust. Rudolphi peamiseks saavutuseks oli seadus, mis võimaldas nii protestantidele kui katoliiklastele vaba usulise väljenduse. Sellegipoolest ei jätkanud seda seadust 1611. aastal troonile astunud katoliku kuningas Ferdinand Teine ja peagi kasvas kihav religioosne tüli.
1618. aasta kaitsmine vallandas õnnetu 30-aastase sõja. Valiti uus kuningas Friedrich Pfalz. Kuid 1620. aastal tõrjusid keiserlikud väed tema protestantlikud väed Praha lähedal asuvale madalale künkale. Seda “Valge mäe lahingut” peetakse riigi ajaloo halvimateks päevadeks. Tagajärjed räsisid silmapaistvate protestantide avalikud hukkamised ja kõigi nende inimeste väljasaatmine Prahast, kes keeldusid olemast katoliiklased.
Ferdinandi otsustav võit muutis praeguseks väsinud Praha osariiki dramaatiliselt. Hilisemad ajaloolased kirjeldasid järgmist perioodi kui “pimedust”, ajastut, mil tšehhi rahvas oli oma riigis rõhutud enamus: nende valitsejad kas tapeti või aeti välja, nende keel jäeti kõrvale ja nende valitud religioon keelustati. See oli suures osas tõsi. Konfiskeeritud protestantlikud mõisad müüdi alandatud hindadega Habsburgide toetajatele, kes olid peamiselt välismaalased (eriti sakslased). Saksa keel võeti vastu viisaka ühiskonna keelena ja lõpuks rääkisid tšehhi keelt vaid linnavaesed ja talupojad. Teised usurühmad, nagu jesuiidid, püüdsid välja juurida viimaseid protestantismi jäänuseid. Kuid see ei olnud kõik hukk ja sünge. Pärast seda, kui riik väljus aastatepikkusest konfliktist, muutis ehitusbuum maapiirkonnad ja linnad barokkstiili ja -kunsti imedega. Sellest hoolimata jäävad pinged Praha tšehhi ja saksa keelt kõnelevate kodanike vahel 20. sajandini ja neil on olnud kaugeleulatuvad tagajärjed.
Praha 2. kaitsmine
23. mail 1618. aastal Praha lossis koos kättemaksuhimuliste protestantlike vaenlastega lõksus hüüdsid 2 kivistunud keiserlikku ametnikku halastust, kuid nende hüüded jäid kurtidele kõrvadele. Olles oma õnnetu sekretäriga aknale sunnitud, tõugati nad välja, kuigi üks neist klammerdus meeleheitlikult lävepaku külge, kuni ta kiire noalöögi tõttu välja kimpus. Nende kukkumisest vallikraavi pikalt allpool oleks pidanud piisama nende tapmiseks; nad jäid siiski ellu ja suutsid kõigi hämmastuseks põgeneda. Katoliiklik jutustus juhtunust väidab, et Neitsi Maarja murdis nende langemise imekombel. Protestantlik ja võib-olla usutavam aruanne väidab, et vallikraavi kogunenud tohutu prügi oli nende kukkumise katkestanud.
Rahvas ärkab kahekümnendal sajandil
Kaheksateistkümnendal sajandil hakkas Habsburgide võim muutuma liberaalsemaks, eriti keiser Joseph Teise valitsusajal (1780–1790). Tema haridussüsteemi reformid lõid kirjaoskajate põlvkonna tšehhide, kes said teadlikumaks oma varasemast ajaloost ja praegusest rõhumisest. Üheksateistkümnenda sajandi alguses tekkis intellektuaalne eliit, mis tõi tšehhi keele tagasi esile, propageeris selle kirjandust ja tegi lobitööd tšehhi õiguste eest impeeriumis. Sajandi lõpus läks Praha, mida keiser Franz Josef varem nimetas “igati Saksa linnaks”, täielikult Tšehhi rahva kontrolli alla; Saksa tänavasildid olid kadunud ja uhked hooned, nagu rahvusteater ja rahvusmuuseum, peegeldasid üha enesekindlamat tšehhi rahvast.
Kui Habsburgide troonipärija ertshertsog Franz Ferdinand 1914. aasta juunis tapeti, sukeldus Austria Ungari impeerium Esimesse maailmasõtta. Vallutatud Austria-Ungari jäänustest kuulutati oktoobris 1918 välja iseseisev Tšehhi Vabariik, mis koosnes Määrimaast, Slovakkiast ja Böömimaast. Tomáš Masaryk, hinnatud filosoofiaprofessor , oli esimese vabariigi esialgne president.
