Η άφιξη των Αψβούργων
Η Βοημία διοικούνταν από απόντες βασιλιάδες μετά το θάνατο του Γεωργίου μέχρι το 1526, όταν οι Αψβούργοι διεκδίκησαν τον θρόνο. Αυτή η σφοδρή Καθολική δυναστεία κυβέρνησε τα απομεινάρια της Ιεράς Αυτοκρατορίας της Ρώμης και επικέντρωσε τις προσπάθειές της στη φύλαξη των συνόρων της με την Ευρώπη ενάντια στη σημαντική απειλή από τους Οθωμανούς. Εκείνη την εποχή, η προτεσταντική θρησκεία είχε εξελιχθεί σε μια ισχυρή επιρροή και οι σοβαρές θρησκευτικές φατρίες της Βοημίας ήταν απλώς ένα άλλο πρόβλημα με το οποίο έπρεπε να αντιμετωπίσουν.
Ο αυτοκράτορας Ροδόλφος ο Δεύτερος ανέβηκε στο θρόνο το 1576 και άλλαξε την πρωτεύουσα σε Πράγα (από τη Βιέννη). Η αυτοκρατορική χορηγία οδήγησε τις επιστήμες και τις τέχνες σε μεγαλύτερα ύψη και τα εντυπωσιακά αναγεννησιακά κτίρια πρόσθεσαν τη λαμπρότητα της πόλης. Το κύριο επίτευγμα του Ρούντολφ ήταν ένας νόμος που επέτρεπε την ελεύθερη θρησκευτική έκφραση τόσο στους Προτεστάντες όσο και στους Καθολικούς. Παρ’ όλα αυτά, αυτός ο νόμος δεν συνεχίστηκε από τον Φερδινάνδο τον Δεύτερο, τον Καθολικό βασιλιά που ανέλαβε το θρόνο το 1611, και οι θρησκευτικές διαμάχες που σιγοβράζουν γρήγορα αυξήθηκαν.
Η υπεράσπιση του 1618 πυροδότησε τον άτυχο 30ετή πόλεμο. Ο Φρειδερίκος του Παλατινάτου, νέος βασιλιάς, εξελέγη. Ωστόσο, κατά τη διάρκεια του 1620, οι προτεσταντικές δυνάμεις του εκδιώχθηκαν από τις αυτοκρατορικές δυνάμεις σε έναν χαμηλό λόφο έξω από την Πράγα. Αυτή η «Μάχη του Λευκού Όρους» θεωρείται από τις χειρότερες μέρες στην ιστορία της χώρας. Οι συνέπειες καταστράφηκαν από δημόσιες εκτελέσεις επιφανών Προτεσταντών και απελάσεις, από την Πράγα, οποιουδήποτε αρνήθηκε να είναι Καθολικός.
Η αποφασιστική νίκη του Φερδινάνδου άλλαξε δραματικά το κουρασμένο πλέον κράτος της Πράγας. Οι επόμενοι ιστορικοί περιέγραψαν την επόμενη περίοδο ως «Σκοτάδι», μια εποχή όπου ο τσέχικος λαός αποτελούσε καταπιεσμένη πλειοψηφία στη χώρα του: οι ηγεμόνες τους είτε σκοτώθηκαν είτε εκδιώχθηκαν, η γλώσσα τους παραγκωνίστηκε και η θρησκεία της επιλογής τους απαγορευμένη. Αυτό ήταν σε μεγάλο βαθμό αλήθεια. Τα κατασχεμένα προτεσταντικά κτήματα πωλήθηκαν σε μειωμένες τιμές σε υποστηρικτές των Αψβούργων, που ήταν κυρίως ξένοι (ιδιαίτερα Γερμανοί). Τα γερμανικά υιοθετήθηκαν ως η ευγενική γλώσσα της κοινωνίας και, τελικά, τα τσέχικα μιλούσαν μόνο οι φτωχοί και οι αγρότες της πόλης. Άλλες θρησκευτικές ομάδες, όπως οι Ιησουίτες, προσπάθησαν να εξαλείψουν τα τελευταία υπολείμματα του προτεσταντισμού. Όμως, δεν ήταν όλα χαμός και κατήφεια. Αφού η χώρα βγήκε από πολλά χρόνια σύγκρουσης, μια οικοδομική έκρηξη μεταμόρφωσε την ύπαιθρο και τις πόλεις με τα θαύματα της μπαρόκ αρχιτεκτονικής και τέχνης. Εντούτοις, οι εντάσεις μεταξύ των τσεχόφωνων και γερμανόφωνων πολιτών της Πράγας θα παρέμεναν μέχρι τον εικοστό αιώνα και είχαν εκτεταμένες συνέπειες.
2η Άμυνα της Πράγας
Παγιδευμένοι μέσα στο Κάστρο της Πράγας με τους εκδικητικούς προτεστάντες εχθρούς τους στις 23 Μαΐου 1618, 2 πετρωμένοι αυτοκρατορικοί αξιωματούχοι φώναξαν για έλεος, αλλά οι κραυγές τους έπεσαν στο κενό. Πηγαίνοντας με το ζόρι στο παράθυρο με την άτυχη γραμματέα τους, τους έσπρωξαν έξω, αν και 1 από αυτούς κόλλησε απελπισμένα στο περβάζι μέχρι που τον μάζεψε από ένα γρήγορο χτύπημα από ένα μαχαίρι. Η πτώση τους στην τάφρο πολύ πιο κάτω θα έπρεπε να ήταν αρκετή για να τους σκοτώσει. ωστόσο, επέζησαν και κατάφεραν να κάνουν τη φυγή τους προς έκπληξη όλων. Η καθολική αφήγηση του περιστατικού αναφέρει ότι η πτώση τους έσπασε από θαύμα η Παναγία. Η προτεσταντική, και πιθανώς πιο πιστευτή, αφήγηση αναφέρει ότι η τεράστια ποσότητα σκουπιδιών που είχε συσσωρευτεί στην τάφρο είχε σπάσει την πτώση τους.
Το έθνος ξυπνά στον εικοστό αιώνα
Κατά τη διάρκεια του δέκατου όγδοου αιώνα, η κυριαρχία των Αψβούργων άρχισε να γίνεται πιο φιλελεύθερη, ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια της βασιλείας του αυτοκράτορα Ιωσήφ του Β’ (1780-90). Οι μεταρρυθμίσεις του εκπαιδευτικού συστήματος του δημιούργησαν μια γενιά Τσέχων που ήταν εγγράμματοι και που συνειδητοποίησαν περισσότερο την προηγούμενη ιστορία τους και την τρέχουσα καταπίεσή τους. Καθ’ όλη τη διάρκεια των αρχών του δέκατου ένατου αιώνα, μια πνευματική ελίτ εμφανίστηκε, επαναφέροντας την τσεχική γλώσσα στο προσκήνιο, προωθώντας τη λογοτεχνία της και ασκώντας πιέσεις για τα τσέχικα δικαιώματα στην Αυτοκρατορία. Στο τέλος του αιώνα, η Πράγα, την οποία ο αυτοκράτορας Φραντς Γιόζεφ περιέγραψε προηγουμένως ως «κάθε κομμάτι της γερμανικής πόλης», είχε περάσει εξ ολοκλήρου στον έλεγχο του Τσέχου. Οι γερμανικές πινακίδες των δρόμων είχαν φύγει και τα μεγάλα κτίρια, όπως το Εθνικό Θέατρο και το Εθνικό Μουσείο αντικατόπτριζαν ένα τσέχικο έθνος με όλο και μεγαλύτερη αυτοπεποίθηση.
Μόλις ο Αρχιδούκας Φραντς Φερδινάνδος, ο οποίος ήταν διάδοχος του θρόνου των Αψβούργων, σκοτώθηκε τον Ιούνιο του 1914, η Αυστροουγγρική Αυτοκρατορία βυθίστηκε στον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο. Από τα απομεινάρια μιας κατακτημένης Αυστροουγγαρίας, ανακηρύχθηκε η ανεξάρτητη Τσεχική Δημοκρατία τον Οκτώβριο του 1918, αποτελούμενη από τη Μοραβία, τη Σλοβακία και τη Βοημία. Ο Tomáš Masaryk, ένας αξιότιμος καθηγητής φιλοσοφίας , ήταν ο αρχικός πρόεδρος της πρώτης δημοκρατίας.
