Die Ankunft der Habsburger
Böhmen wurde nach dem Tod Georgs bis 1526 von abwesenden Königen regiert, als der Thron von den Habsburgern beansprucht wurde. Diese vehement katholische Dynastie regierte über die Überreste des Heiligen Römischen Reiches und konzentrierte ihre Bemühungen auf die Abschirmung ihrer Grenzen mit Europa gegen die erhebliche Bedrohung durch die Osmanen. Zu diesem Zeitpunkt hatte die protestantische Religion einen starken Einfluss entwickelt und Böhmens ernst zu nehmende religiöse Fraktionen waren nur ein weiteres Problem, mit dem sie zu kämpfen hatte.
Kaiser Rudolf II. übernahm im Jahre 1576 den Thron und verlegte die Hauptstadt nach Prag (von Wien). Die kaiserliche Unterstützung brachte die Wissenschaften und die Künste zu neuen Höhen und beeindruckende Renaissance-Gebäude bereicherten den Glanz der Stadt. Rudolfs wichtigste Errungenschaft war ein Gesetz, das freie Religionsausübung, sowohl für Protestanten als auch für Katholiken, gewährleistete. Gleichwohl wurde dieses Gesetz von Ferdinand dem Zweiten, dem katholischen König, der den Thron im Jahre 1611 bestieg, aufgehoben und die schwelenden religiösen Streitereien wuchsen bald an.
Der Fenstersturz von 1618 löste den verhängnisvollen 30-jährigen Krieg aus. Friedrich von der Pfalz, ein neuer König, wurde gewählt. Allerdings wurden während des Jahres 1620 seine protestantischen Truppen von kaiserlichen Truppen bei einem kleinen Hügel direkt vor Prag geschlagen. Diese “Schlacht am Weißen Berg” wird als der schlimmste Tag in der Geschichte des Landes angesehen. Die Zeit unmittelbar danach wurde durch öffentliche Hinrichtungen prominenter Protestanten und durch Vertreibung aus Prag von allen, die es ablehnten, Katholik zu sein, getrübt.
Der klare Sieg von Ferdinand verändert den nun beschwerlichen Zustand von Prag dramatisch. Die folgende Zeit wurde von späteren Historikern als “Dunkelheit” beschrieben, eine Ära, während der das tschechische Volk eine unterdrückte Mehrheit im eigenen Land war: Deren Herrscher wurden entweder getötet oder vertrieben, ihre Sprache aufs Abstellgleis geschoben, und die Religion ihrer Wahl verboten. Dies entsprach im Wesentlichen der Wahrheit. Konfiszierter protestantischer Grundbesitz wurde zu reduzierten Preisen an Anhänger der Habsburger verkauft, die vor allem Ausländer (insbesondere Deutsche) waren. Deutsch wurde als die Sprache der feinen Gesellschaft angenommen und am Ende wurde Tschechisch nur noch von der armen städtischen Bevölkerung und den Bauern gesprochen. Andere religiöse Gruppen, wie die Jesuiten, versuchten, die letzten Reste des Protestantismus auszurotten. Aber nicht alles war Untergangsstimmung. Nachdem das Land aus vielen Jahren der Konflikte emporkam, verwandelte ein Bauboom die Landschaft und die Städte mit den Wundern der barocken Architektur und Kunst. Gleichwohl dauerten die Spannungen zwischen den tschechisch- und deutschsprachigen Bürgern Prags weit bis ins zwanzigste Jahrhundert an und hatten weitreichende Folgen.
Zweiter Prager Fenstersturz
In der Prager Burg mit ihren rachsüchtigen protestantischen Feinden festsitzend, schrien am 23. Mai 1618 zwei vor Schreck gelähmte kaiserliche Beamte um Erbarmen, aber ihre Schreie stießen auf taube Ohren. Sie wurden gemeinsam mit ihrem unglücklichen Sekretär gezwungen, ans Fenster zu gehen, und hinausgeworfen, wenngleich einer von ihnen sich verzweifelt an das Sims klammerte, bis er durch einen kurzen Hieb mit einem Messer hinunterbefördert wurde. Der tiefe Sturz in den Graben hätte ausreichen müssen, um sie zu töten, aber zu aller Überraschung überlebten sie und es gelang ihnen die Flucht. Die katholische Darstellung des Vorfalls behauptet, dass ihr Sturz wie durch ein Wunder von der Jungfrau Maria gestoppt wurde. Die evangelische und möglicherweise glaubwürdigere Darstellung besagt, dass die riesige Menge an Müll, die sich im Graben angesammelt hatte, ihren Sturz abgebremst hat.
Die Nation erwacht im zwanzigsten Jahrhundert
Während des achtzehnten Jahrhunderts begann die Herrschaft der Habsburger etwas liberaler zu werden, vor allem während der Regierungszeit von Kaiser Josef dem Zweiten (1780-1790). Seine Reformen des Bildungssystems brachten eine Generation von Tschechen hervor, die lesen und schreiben konnten, und sich stärker ihrer Geschichte und ihrer gegenwärtige Unterdrückung bewusst wurden. Während des frühen neunzehnten Jahrhunderts entstand eine intellektuelle Elite, welche die tschechische Sprache wieder salonfähig machte, die tschechische Literatur förderte und sich für die Rechte der Tschechen im Reich einsetzte. Am Ende des Jahrhunderts war Prag, von Kaiser Franz Josef zuvor als “durch und durch deutsche Stadt” beschrieben, vollständig in die Kontrolle des tschechischen Volkes übergegangen. Deutsche Straßenschilder waren verschwunden und prachtvolle Gebäude, wie das Nationaltheater und das Nationalmuseum reflektierten eine zunehmend zuversichtliche tschechische Nation.
Nachdem Erzherzog Franz Ferdinand, welcher der Erbe des Throns der Habsburger war, im Juni 1914 getötet wurde, wurde das österreichisch-ungarische Reich in den Ersten Weltkrieg verwickelt. Aus den Überresten des eroberten österreichisch-ungarischen Reiches wurde im Oktober 1918 die unabhängige Tschechische Republik gegründet, bestehend aus Mähren, der Slowakei und Böhmen. Tomáš G. Masaryk, ein angesehener Professor für Philosophie, war der erste Präsident der Republik.