Habsburgernes ankomst
Bøhmen blev styret af fraværende konger efter Georges død indtil 1526, da habsburgerne gjorde krav på tronen. Dette voldsomt katolske dynasti regerede over resterne af Roms Hellige Rige og koncentrerede deres indsats om at bevogte deres grænser til Europa mod den betydelige trussel fra osmannerne. På dette tidspunkt havde den protestantiske religion udviklet sig til en potent indflydelse, og Bøhmens seriøse religiøse fraktioner var blot endnu et problem, som de skulle kæmpe med.
Kejser Rudolf den Anden overtog tronen i 1576 og ændrede hovedstaden til Prag (fra Wien). Imperialistisk sponsorering tog videnskaben og kunsten til større højder, og imponerende renæssancebygninger føjede til byens pragt. Rudolphs vigtigste præstation var en lov, der tillod frit religiøst udtryk for både protestanter og katolikker. Ikke desto mindre blev denne lov ikke videreført af Ferdinand den Anden, den katolske konge, der indtog tronen i 1611, og det ulmende religiøse skænderi tog hurtigt til.
Defenestrationen i 1618 udløste den skæbnesvangre 30-års krig. Frederik af Pfalz, en ny konge, blev valgt. Men i løbet af 1620 blev hans protestantiske styrker fordrevet af kejserlige styrker på en lav bakke uden for Prag. Denne ‘Battle of White Mountain’ anses for at være blandt de værste dage i landets historie. Eftervirkningerne blev ødelagt af offentlige henrettelser af fremtrædende protestanter og udvisninger fra Prag af alle, der nægtede at være katolik.
Ferdinands afgørende sejr ændrede dramatisk den nu trætte stat Prag. Efterfølgende historikere beskrev den følgende periode som ‘Mørke’, en æra, hvor det tjekkiske folk var et undertrykt flertal i deres eget land: Deres herskere blev enten dræbt eller fordrevet, deres sprog sat på sidelinjen, og deres valgte religion blev forbudt. Dette var stort set sandt. Beslaglagte protestantiske godser blev solgt til nedsatte priser til tilhængere af habsburgerne, som hovedsagelig var udlændinge (især tyskere). Tysk blev vedtaget som det høflige samfunds sprog, og til sidst blev tjekkisk kun talt af byernes fattige og bønder. Andre religiøse grupper, som jesuitterne, forsøgte at udrydde de sidste rester af protestantismen. Men det var ikke alt sammen undergang og dysterhed. Efter at landet kom ud af mange års konflikt, forvandlede et byggeboom landskabet og byerne med barokarkitekturens og kunstens vidundere. Ikke desto mindre ville spændingerne mellem Prags tjekkisktalende og tysktalende borgere forblive langt ind i det tyvende århundrede og have haft vidtrækkende konsekvenser.
Prags 2. Defenestration
Fanget inde i Prags borg med deres hævngerrige protestantiske fjender den 23. maj 1618 råbte 2 forstenede kejserlige embedsmænd om nåde, men deres råb faldt for døve ører. Tvunget ind i vinduet med deres uheldige sekretær, blev de skubbet ud, selvom 1 af dem desperat klyngede sig fast i karmen, indtil han blev bundtet ud af et hurtigt knivslag. Deres fald i voldgraven langt nede burde have været nok til at dræbe dem; dog overlevede de og formåede at undslippe til alles forbløffelse. Den katolske beretning om hændelsen siger, at deres fald blev brudt mirakuløst af Jomfru Maria. Den protestantiske, og muligvis mere troværdige, beretning siger, at den enorme mængde affald, der var opbygget i voldgraven, havde brudt deres fald.
Nationen vågner i det tyvende århundrede
I løbet af det attende århundrede begyndte habsburgernes styre at blive mere liberalt, især under kejser Joseph den Andens regeringstid (1780-90). Hans uddannelsessystemreformer skabte en generation af tjekkere, der var læsekyndige, og som blev mere bevidste om deres tidligere historie og deres nuværende undertrykkelse. Gennem det tidlige nittende århundrede dukkede en intellektuel elite op, som bragte det tjekkiske sprog tilbage til fremtræden, promoverede dets litteratur og lobbyede for tjekkiske rettigheder i imperiet. I slutningen af århundredet var Prag, som kejser Franz Josef tidligere beskrev som ‘en tysk by’, blevet overgivet fuldstændig til det tjekkiske folk; Tyske gadeskilte var forsvundet, og storslåede bygninger, såsom Nationalteatret og Nationalmuseet, afspejlede en stadig mere selvsikker tjekkisk nation.
Da ærkehertug Franz Ferdinand, som var arving til habsburgernes trone, blev dræbt i juni 1914, blev det østrig-ungarske imperium fordybet i Første Verdenskrig. Ud af resterne af et erobret Østrig-Ungarn blev den uafhængige Tjekkiet erklæret i oktober 1918, bestående af Mähren, Slovakiet og Bøhmen. Tomáš Masaryk, en værdsat filosofiprofessor , var den første republiks første præsident.