Habsburški dolazak
Bohemijom su vladali odsutni kraljevi nakon Georgeove smrti do 1526. godine kada su Habsburgovci preuzeli tron. Ova žestoko katolička dinastija upravljala je ostacima rimskog Svetog Carstva i koncentrisala svoje napore na čuvanje svojih granica sa Evropom od značajne pretnje od Osmanlija. U to vrijeme, protestantska religija se razvila u snažan utjecaj, a ozbiljne vjerske frakcije u Bohemiji bile su samo još jedan problem s kojim su se morali boriti.
Car Rudolf Drugi stupio je na prijestolje 1576. godine i promijenio glavni grad u Prag (iz Beča). Imperijalno sponzorstvo podiglo je nauku i umjetnost na viši nivo, a impresivne renesansne zgrade dodale su sjaju grada. Rudolphovo glavno dostignuće bio je zakon koji dozvoljava slobodno vjersko izražavanje i protestantima i katolicima. Bez obzira na to, ovaj zakon nije nastavio Ferdinand Drugi, katolički kralj koji je preuzeo prijestolje 1611. godine, a uzavrele vjerske prepirke ubrzo su porasle.
Defenestacija iz 1618. godine pokrenula je nesrećni 30-godišnji rat. Izabran je novi kralj Fridrik od Palatinata. Međutim, tokom 1620. godine, njegove protestantske snage su istisnute od strane carskih snaga na nisko brdo izvan Praga. Ova ‘Bitka na Bijeloj planini’ se smatra jednim od najgorih dana u istoriji zemlje. Posljedice su bile pokvarene javnim pogubljenjima istaknutih protestanata i protjerivanjem iz Praga svih koji su odbili da budu katolici.
Odlučujuća pobjeda Ferdinanda dramatično je izmijenila sada umorno stanje Praga. Kasniji istoričari opisali su naredni period kao ‘mraku’, eru kada je češki narod bio potlačena većina u svojoj zemlji: njihovi vladari su ili ubijani ili protjerani, njihov jezik zabačen, a njihova religija po izboru zabranjena. Ovo je uglavnom bila istina. Zaplijenjena protestantska imanja prodavana su po sniženim cijenama pristalicama Habsburgovaca, koji su uglavnom bili stranci (posebno Nijemci). Njemački je prihvaćen kao jezik pristojnog društva, a češki su na kraju govorili samo gradski siromašni i seljaci. Druge vjerske grupe, poput jezuita, pokušale su iskorijeniti posljednje ostatke protestantizma. Ali, nije sve bila propast. Nakon što je zemlja izašla iz dugogodišnjeg sukoba, građevinski bum transformirao je selo i gradove čudima barokne arhitekture i umjetnosti. Bez obzira na to, tenzije između Praga koji govore češki i građana koji govore njemački ostat će iu dvadesetom vijeku i imale su dalekosežne posljedice.
Praška 2. defenestacija
Zarobljeni unutar Praškog zamka sa svojim osvetoljubivim protestantskim neprijateljima 23. maja 1618. godine, 2 skamenjena carska zvaničnika su vapila za milost, ali su njihovi vapaji ostali bez sluha. Natjerani na prozor sa svojom nesretnom sekretaricom, izgurani su van, iako se jedan od njih očajnički držao za prag sve dok ga nije izvukao brzim udarcem noža. Njihov pad u jarak daleko ispod trebao je biti dovoljan da ih ubije; međutim, preživjeli su i uspjeli pobjeći na opšte čuđenje. Katolički izvještaj o incidentu kaže da je njihov pad čudesno slomila Djevica Marija. Protestantski, a možda i vjerodostojniji, izvještaj kaže da je ogromna količina smeća nakupljena u jarku prekinula njihov pad.
Nacija se budi u dvadesetom veku
Tokom osamnaestog veka, vladavina Habsburgovaca je počela da postaje liberalnija, posebno za vreme vladavine cara Josifa Drugog (1780-90). Njegove reforme obrazovnog sistema stvorile su generaciju Čeha koji su bili pismeni i koji su postali svjesniji svoje prethodne istorije i svog sadašnjeg ugnjetavanja. Tokom ranog devetnaestog veka, pojavila se intelektualna elita, koja je vratila češki jezik na isticanje, promovišući njegovu književnost i lobirajući za češka prava u Carstvu. Na kraju veka, Prag, koji je car Franz Josef ranije opisao kao „svaki nemački grad“, prešao je u potpunosti pod kontrolu češkog naroda; Nemački ulični znakovi su nestali, a velike zgrade, kao što su Narodno pozorište i Nacionalni muzej, odražavale su češku naciju koja ima sve samopouzdanje.
Nakon što je nadvojvoda Franc Ferdinand, koji je bio prijestolonasljednik Habsburgovaca, ubijen u junu 1914. godine, Austro-Ugarska je uronjena u Prvi svjetski rat. Od ostataka pokorene Austro-Ugarske, oktobra 1918. proglašena je nezavisna Češka, koju su činile Moravska, Slovačka i Češka. Tomáš Masaryk, cijenjeni profesor filozofije , bio je prvi prvi predsjednik republike.