Пристигането на Хабсбургите
Бохемия се управлява от отсъстващи крале след смъртта на Георги до 1526 г., когато Хабсбургите претендират за трона. Тази яростна католическа династия управляваше остатъците от Свещената империя на Рим и концентрира усилията си върху охраната на границите си с Европа срещу значителната заплаха от османците. По това време протестантската религия се превърна в мощно влияние и сериозните религиозни фракции в Бохемия бяха просто още един проблем, с който трябваше да се борят.
Император Рудолф Втори се възкачва на престола през 1576 г. и променя столицата на Прага (от Виена). Имперското спонсорство издигна науката и изкуствата на по-високи висоти, а впечатляващите ренесансови сгради добавиха към великолепието на града. Основното постижение на Рудолф е закон, позволяващ свободно религиозно изразяване както на протестанти, така и на католици. Независимо от това, този закон не е продължен от Фердинанд Втори, католическият крал, който заема престола през 1611 г., и скоро кипящите религиозни пререкания се засилват.
Дефенестрацията от 1618 г. предизвика злополучната 30-годишна война. Избран е нов крал Фридрих Пфалски. Въпреки това, през 1620 г., неговите протестантски сили са прокудени от имперските сили на нисък хълм извън Прага. Тази „битка при Бяла планина“ се счита за един от най-лошите дни в историята на страната. Последиците бяха помрачени от публични екзекуции на видни протестанти и експулсиране от Прага на всеки, който отказа да бъде католик.
Решителната победа на Фердинанд промени драматично изтощеното състояние на Прага. Следващите историци описват следващия период като „мрак“, епоха, когато чешкият народ е бил потиснато мнозинство в собствената си страна: техните управници или убити, или прогонени, езикът им е настрана и тяхната религия е забранена. Това до голяма степен беше вярно. Заграбените протестантски имоти се продават на намалени цени на привържениците на Хабсбургите, които са предимно чужденци (особено германци). Немският е приет като език на учтивото общество и в крайна сметка чешкият се говори само от градските бедняци и селяните. Други религиозни групи, като йезуитите, се опитват да изкоренят последните остатъци от протестантството. Но не всичко беше гибел и мрак. След като страната излезе от многогодишен конфликт, строителният бум преобрази провинцията и градовете с чудесата на бароковата архитектура и изкуство. Независимо от това, напрежението между чешкоговорещите в Прага и немскоговорящите граждани ще остане до края на ХХ век и ще има дълбоки последици.
2 -ра дефенестрация на Прага
Хванати в капан в Пражкия замък с отмъстителните си врагове-протестанти на 23 май 1618 г., 2 вкаменени имперски служители извикаха за милост, но виковете им останаха глухи. Принудени до прозореца с нещастната си секретарка, те бяха изтласкани навън, въпреки че 1 от тях отчаяно се вкопчи в перваза, докато не беше изваден от бърз удар с нож. Падането им в рова далеч отдолу би трябвало да е достатъчно, за да ги убие; те обаче оцеляха и успяха да избягат за учудване на всички. Католическият разказ за инцидента гласи, че падането им е пречупено по чудо от Дева Мария. Протестантският и вероятно по-правдоподобен разказ гласи, че огромното количество боклук, натрупан в рова, е прекъснал падането им.
Нацията се пробужда през двадесети век
През осемнадесети век управлението на Хабсбургите започва да става по-либерално, особено по време на управлението на император Йосиф Втори (1780-90). Неговите реформи в образователната система създават поколение чехи, които са грамотни и осъзнават по-добре предишната си история и сегашното си потисничество. През началото на деветнадесети век се появява интелектуален елит, който връща чешкия език на известност, популяризира неговата литература и лобира за чешките права в Империята. В края на века Прага, която император Франц Йозеф описва по-рано като „всеки един немски град“, е прехвърлена изцяло под контрола на чешкия народ; Немските улични табели бяха изчезнали, а грандиозните сгради, като Националния театър и Националния музей, отразяваха все по-уверена чешка нация.
След като ерцхерцог Франц Фердинанд, който беше наследникът на трона на Хабсбургите, беше убит през юни 1914 г., Австро-Унгарската империя се потопила в Първата световна война. От останките на завладяна Австро-Унгария през октомври 1918 г. е обявена независима Чехия, състояща се от Моравия, Словакия и Бохемия. Томаш Масарик, уважаван професор по философия , беше първият президент на републиката.